Rzecznik Praw Dziecka Marek Michalak napisał, że indywidualne nauczanie powinno przysługiwać dzieciom, które znalazły się w szczególnie trudnej sytuacji zdrowotnej i nie może stanowić metody na "pozbywanie" się z przedszkola lub szkoły dzieci sprawiających trudności wychowawcze. Nauczanie indywidualne może być prowadzone w domu ucznia albo w szkole. Z tej formy kształcenia korzystają np. dzieci w trakcie leczenia onkologicznego, po operacjach, z obniżoną odpornością, także dzieci z zaburzeniami ze spektrum autyzmu. Ministerstwo Edukacji Narodowej - w najnowszym projekcie rozporządzenia - proponuje rezygnację z tej formy w szkołach i przedszkolach; dzieci, które tego wymagają, miałyby się uczyć w domu. Protestują rodzice dzieci z niepełnosprawnościami, w ich ocenie jest to pozbawianie dzieci kontaktu z rówieśnikami. W opinii Rzecznika Praw Obywatelskich Adama Bodnara, "usunięcie z systemu edukacji możliwości indywidualnego kształcenia uczniów z niepełnosprawnościami w ramach infrastruktury szkoły czy przedszkola może powodować również poważne konsekwencje dla życia społecznego i zawodowego ich rodziców". Rzecznik podkreśla jednak, że - zgodnie z postanowieniami Konwencji o prawach osób niepełnosprawnych - przede wszystkim rekomenduje promowanie edukacji włączającej, tak aby jak największa grupa uczniów z niepełnosprawnościami kształciła się w grupie rówieśniczej w szkole powszechnej możliwie blisko ich miejsca zamieszkania. "Nauczanie indywidualne powinno mieć zatem miejsce w przypadkach wyjątkowych, gdy jest to niezbędne i uzasadnione szczególnymi potrzebami dziecka oraz świadomą decyzją jego rodziców lub prawnych opiekunów. Należy przy tym mieć na uwadze, że nauczanie indywidualne w domu nie może być jedyną formą jego realizacji, a rodzice, decydując o nauczaniu indywidualnym swojego dziecka, powinni móc dokonać wyboru również przedszkola i szkoły jako miejsca, gdzie takie nauczanie będzie prowadzone" - uważa Bodnar. Według Rzecznika Praw Dziecka Marka Michalaka o tym, czy konkretne dziecko może realizować indywidualne nauczanie, powinni decydować specjaliści z zespołów orzekających, a nie organ stanowiący prawo. W wystąpieniu do MEN Michalak podkreślił, że "wyizolowanie dziecka ze środowiska rówieśników jest dla niego krzywdzące" i "jest dobitnym przejawem nierównego traktowania". "Dziecko ma prawo do systematycznych kontaktów z rówieśnikami, ponieważ to służy jego harmonijnemu rozwojowi, a nie tylko okazjonalnych - jak to zaproponowano w projekcie" - uważa RPD. Jednocześnie dodał, że indywidualne nauczanie powinno przysługiwać dzieciom, które znalazły się w szczególnie trudnej sytuacji zdrowotnej i nie może stanowić metody na "pozbywanie" się z przedszkola lub szkoły dzieci, które sprawiają trudności wychowawcze. Zmianę przepisów zaproponowano w projekcie rozporządzenia "w sprawie indywidualnego obowiązkowego rocznego przygotowania przedszkolnego dzieci i indywidualnego nauczania dzieci i młodzieży", które jest konieczne w związku z reformą edukacji, likwidującą gimnazja. MEN chce zrezygnować zapisu, który pozwalał na organizowanie indywidualnego obowiązkowego rocznego przygotowania przedszkolnego oraz indywidualnego nauczania na terenie przedszkola lub szkoły. Jak uzasadnia - ta forma kształcenia przeznaczona jest tylko dla dzieci i młodzieży, których stan zdrowia "znacznie utrudnia lub uniemożliwia" realizację obowiązku nauki. Obecnie zaś - jak zwraca uwagę MEN - nauczanie indywidualne w szkołach i przedszkolach obejmowało także uczniów sprawiających trudności wychowawcze, niedostosowanych społecznie. Według MEN, powinni oni być w szkołach objęci wsparciem odpowiednim do zdiagnozowanych potrzeb, czyli pomocą psychologiczno-pedagogiczną lub kształceniem specjalnym, z kolei szkoła powinna usuwać bariery utrudniające funkcjonowanie uczniów (np. architektoniczne). Gdy przeciwko proponowanym zmianom zaczęli protestować rodzice dzieci z niepełnosprawnościami, minister edukacji Anna Zalewska wyjaśniała, że indywidualne nauczanie to czasowa edukacja w domu, prowadzona dla dzieci chorych, a dzieci ze specjalnymi potrzebami, niepełnosprawne są objęte edukacją włączającą. Według niej, kontrowersje wokół tematu są wywołane "niezrozumieniem". Zdaniem Agnieszki Niedźwiedzkiej ze Stowarzyszenia Nie-Grzeczne Dzieci, przesłanki jakimi kieruje się MEN, są słuszne, gdyż nauczanie indywidualne często służy "wypychaniu dzieci chorych czy niepełnosprawnych ze szkół, bo te są niedostosowane do ich potrzeb". Jednak - według niej - całkowita likwidacja nauczania indywidualnego w szkołach nie doprowadzi do tego, że te problemy znikną, bo szkoły nie mają pieniędzy na to, by zapewnić dzieciom taką pomoc, jakiej potrzebują.