Sejm 17 grudnia 2020 r. odrzucił wniosek Senatu o odrzucenie noweli ustawy o działach administracji rządowej. Nowelizacja ta jest konsekwencją ubiegłorocznej reorganizacji Rady Ministrów i zmniejszenia liczby resortów. Według zapowiedzi polityków PiS, ma usprawnić funkcjonowanie rządu. Przewiduje m.in. wyodrębnienie nowych działów administracji rządowej: geologia, leśnictwo i łowiectwo oraz centrum administracyjnego rządu. Zdaniem prezydenta Dudy, zasadność wyodrębnienia z działu administracji rządowej środowisko - nowego działu leśnictwo i łowiectwo, budzi wątpliwości, jeżeli weźmie się pod uwagę troskę o ochronę przyrody i lasów w Polsce. Głowa państwa zwraca uwagę na to, że odpowiedzialność ministra właściwego do spraw środowiska za obszar leśnictwa i łowiectwa ma długą i dobrą tradycję. Prezydent uznał, że w czasie prac parlamentarnych nad przedmiotową ustawą nie padły argumenty w dostateczny sposób przemawiające za proponowaną zmianą. Andrzej Duda podkreślił, że ta kwestia powinna być przedmiotem ponownej, szerokiej debaty, w czasie której stanowiska przedstawić będą mogły wszystkie zainteresowane strony. Podwyżki dla podsekretarzy stanu Ponadto nowela zakłada przeniesienie podsekretarzy stanu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów i ministerstwach do korpusu Służby Cywilnej.Podczas prac w Senacie zwracano uwagę, że nowela wprowadza "tylnymi drzwiami" możliwość wyższego wynagradzania podsekretarzy stanu, a zatem także parlamentarzystów, których wynagrodzenia związane są z wysokością pensji podsekretarzy stanu. Do tego punktu odniósł się również prezydent. Zdaniem Andrzeja Dudy ta zmiana budzi wątpliwość, szczególnie jeżeli chodzi o czas jej wprowadzenia. Prezydent zwraca uwagę, że jednym ze skutków proponowanej zmiany jest podniesienie uposażeń części podsekretarzy stanu. Andrzej Duda podkreśla, że pensje osób zajmujących kierownicze stanowiska państwowe, w tym m.in. podsekretarzy stanu, wymagają podniesienia, ze względu na odpowiedzialność i zakres obowiązków. Zdaniem głowy państwa podwyżki są potrzebne i konieczne, ale czas na taką zmianę nie jest korzystny, głównie ze względu na pandemię koronawirusa. Prezydent zwraca również uwagę na niepełny i niesystemowy charakter proponowanej nowelizacji. Głowa państwa proponuje, by wprowadzić podwyżki dla osób pełniących ważne dla państwa i obywateli funkcje, dopiero gdy pozwoli na to sytuacja związana z pandemią COVID-19, a ten moment, w obliczu spodziewanej trzeciej fali zakażeń i rozpoczętych dopiero szczepień, jeszcze nie nadszedł. Vacatio legis Prezydent podkreśla, że przebieg procesu legislacyjnego sprawił, że nie mógł on skorzystać z przysługującego mu terminu na podjęcie decyzji w sprawie ustawy, co określa Konstytucja. Według Andrzeja Dudy projektodawca nie wskazał szczególnych powodów uzasadniających skrócenie vacatio legis. Andrzej Duda zwrócił uwagę, że przedłożenie Sejmowi w dniu 17 listopada 2020 r. projektu, zakładającego, że ustawa wejdzie w życie 1 stycznia 2021 r., już w momencie wpłynięcia do izby niższej, wskazywało na możliwość naruszenia konstytucyjnego terminu 21 dni na podjęcie decyzji przez prezydenta i brak zachowania odpowiedniej vacatio legis. Wielokrotnie nowelizowana ustawa Ustawa o działach administracji rządowej z 1997 r. (wielokrotnie nowelizowana) umożliwia tworzenie nowych ministerstw na podstawie rozporządzeń, bez konieczności zmiany ustawy. Warunkiem jest podporządkowanie nowo utworzonemu resortowi konkretnych, wymienionych w ustawie działów. Jeżeli jednak rząd planuje w inny sposób rozdysponować zadania należące do jednego działu, wówczas niezbędna jest nowelizacja ustawy. W wyniku rekonstrukcji rządu przeprowadzonej na początku października 2020 r., liczba ministerstw zmniejszyła się z 20 do 14. Część resortów została zlikwidowana, a ich kompetencje przekazano innym - wcześniej istniejącym lub nowo powołanym - ministerstwom.