To prof. Handke był autorem reformy edukacji, która objęła między innymi wprowadzenie gimnazjów. To on stał za powstaniem systemu egzaminów zewnętrznych po szkole podstawowej i gimnazjum oraz za wprowadzeniem tak zwanej "nowej matury", która zastąpiła egzaminy na studia. W latach 1993-1998 dwukrotnie sprawował funkcję rektora krakowskiego AGH. Prof. Mirosław Handke był członkiem PAN i przewodniczącym Konferencji Rektorów Polskich Uczelni Technicznych. Opublikował ponad 100 prac naukowych.