W historii ostatnich 20 lat Polski demokratycznej największe kontrowersje wśród wyborców wzbudziły wybory w 1995 roku, kiedy prezydentem został Aleksander Kwaśniewski. Wtedy to do Sądu Najwyższego wpłynęło aż 600 tys. protestów. Prawo zgłoszenia protestu wyborczego mają osoby, które w dniu głosowania ujęte były w spisie wyborców, komitety wyborcze kandydatów na prezydenta oraz komisje wyborcze. Osoby, które głosowały za granicą, powinny złożyć protest do konsula lub kapitana statku - jeżeli tam oddawały swój głos. Do protestu wyborca musi dołączyć zawiadomienie o ustanowieniu swojego pełnomocnika zamieszkałego w kraju. Zgodnie z ustawą o wyborze prezydenta, protest wyborczy może być wniesiony do Sądu Najwyższego nie później niż w ciągu trzech dni od dnia podania wyników wyborów do wiadomości publicznej przez Państwową Komisję Wyborczą. Powodem protestu może być naruszenie przepisów ordynacji wyborczej albo dopuszczenie się przestępstwa przeciwko wyborom, jeżeli to naruszenie lub przestępstwo miało wpływ na wynik wyborów. Osoba składająca protest powinna w nim sformułować zarzuty oraz przedstawić lub wskazać dowody, na których je opiera. Sąd Najwyższy rozpatruje protest w składzie trzech sędziów w postępowaniu nieprocesowym, stosując przepisy kodeksu postępowania cywilnego. Opinia sądu powinna zawierać ustalenia co do zasadności zarzutów protestu, a w razie potwierdzenia ich zasadności - ocenę, czy przestępstwo przeciwko wyborom lub naruszenie przepisów ordynacji miało wpływ na wynik wyborów. Na podstawie sprawozdania z wyborów przedstawionego przez PKW oraz po rozpoznaniu protestów Sąd Najwyższy w składzie całej Izby Pracy, Ubezpieczeń Społecznych i Spraw Publicznych rozstrzyga o ważności wyborów prezydenckich. Uchwała w tej sprawie jest podejmowana nie później niż w 30 dniu po podaniu wyników wyborów do wiadomości publicznej przez PKW. W przypadku podjęcia przez sąd decyzji unieważniającej wybory prezydenckie, przeprowadza się nowe głosowanie w ciągu 2,5 miesięcy. Już podczas I tury tegorocznych wyborów prezydenckich pojawiły się nieprawidłowości w komisji wyborczej, która mieściła się w polskiej ambasadzie w Brukseli; różnica kart do głosowania pomiędzy wydanymi wyborcom, a wyjętymi z urny wyniosła 98 (wydano 3970 kart, a z urny wyjęto ich 4068). Sekretarz Państwowej Komisji Wyborczej Kazimierz Czaplicki nie wykluczył, że w tej sprawie protest wyborczy złoży sama Komisja, bo - jak mówił - "jeśli obwodowa komisja nie potrafi racjonalnie wyjaśnić, skąd się wzięła taka różnica głosów, to zachodzi podejrzenie, że ten wynik nie jest prawdziwy". Jednak jego zdaniem, biorąc pod uwagę wyniki wyborów, różnica głosów "niewątpliwie nie wpłynęła na wynik I tury". Pomimo wielu protestów składanych przez wyborców przez ostatnie lata, nie zdarzyło się nigdy, by sąd unieważnił wybór prezydenta. Rekordowe, jeśli chodzi o liczbę zgłoszonych protestów, były wybory w 1995 roku; do Sądu Najwyższego wpłynęło wówczas 1040 indywidualnych oraz ponad 598 tys. zbiorowych protestów. Przytłaczająca większość osób domagała się wówczas unieważnienia wyborów z powodu podania przez Kwaśniewskiego nieprawdziwego wykształcenia oraz pominięcia w oświadczeniu majątkowym akcji "Polisy" jego żony. Zbieraniem dużej ilości protestów zajmowały się wtedy się m.in. NSZZ "Solidarność" i komitety wyborcze Lecha Wałęsy, który przegrał wybory. Kwaśniewski skłamał w 1995 roku twierdząc, że posiada wyższe wykształcenie. Jednak zastępca Prokuratora Generalnego Stefan Śnieżko poinformował wtedy, że naruszenie ustawy o wyborze prezydenta przez podanie nieprawdziwej informacji o wykształceniu Kwaśniewskiego nie miało istotnego wpływu na wynik głosowania, a zatem nie może stanowić podstawy do unieważnienia wyborów. Uznano także, że podanie nieprawdziwej informacji o stanie majątkowym nie może stanowić przestępstwa, ponieważ ordynacja wyborcza nie wymagała wtedy od kandydatów na prezydenta podawania stanu majątkowego. W wyborach prezydenckich w 2000 roku, w których ponownie wygrał Kwaśniewski, do sądu wpłynęło już tylko 96 protestów wyborczych. W przypadku trzech sąd wydał opinię o zasadności zarzutów. W pierwszym przypadku chodziło o uniemożliwienie głosowania wyborcy, którego pomylono z osobą pozbawioną praw publicznych. W innym proteście zarzucono, że niepełnosprawni przebywający w dniu wyborów na pielgrzymce w Rzymie nie mieli możliwości wzięcia udziału w głosowaniu. Trzeci protest dotyczył braku pieczęci na kopertach zawierających protokoły z dziesięciu komisji obwodowych. Jednak sąd, zastępca Prokuratora Generalnego jak i przewodniczący PKW zgodnie uznali, że stwierdzone uchybienia nie miały wpływu na wynik wyborów. Z kolei w 2005 roku do sądu wpłynęło 51 protestów z czego tylko 3 zostały wzięte pod uwagę. Sąd jednak uznał, że zarzuty w nich zawarte nie miały one wpływu na wynik wyborów.