Sąd Apelacyjny przychylił się do zażalenia prokuratury, która twierdzi, że sąd okręgowy przedwcześnie umorzył sprawę i nie przeprowadził pełnego postępowania dowodowego. Chodzi między innymi o to, że wszystkie decyzje były podejmowane w ramach posiedzeń, a nie w czasie rozpraw, a więc śledczy nie mogli odnieść się do zastrzeżeń sądu. Jeżeli sąd uznał, że nie było przestępstwa, więc nie ma co mówić o winie byłych szefów centrum, to niech przeprowadzi proces i potwierdzi to wyrokiem - powiedział jeden z prokuratorów. W lutym 2017 roku MON w komunikacie napisał, że oficerowie SKW w czasach PO wynosili z siedziby CEK NATO niejawne dokumenty, które przechowywali w nieprzystosowanych do tego pomieszczeniach, gromadzili także "część dokumentacji związanej z ich współpracą z FSB, a także materiały dotyczące tragedii smoleńskiej".Komunikat ten resort zamieścił w związku z wszczęciem przez Prokuraturę Okręgową w Warszawie śledztwa w sprawie działań MON z grudnia 2015 r. wobec CEK NATO. Zawiadomienie w tej sprawie złożyli gen. Pytel i płk Dusza. 18 grudnia 2015 r. w nocy MON zmieniło kierownictwo tworzonego wraz ze Słowacją Centrum Eksperckiego Kontrwywiadu NATO. Ówczesny pełnomocnik MON ds. utworzenia CEK NATO Bartłomiej Misiewicz mówił wówczas o znalezieniu niejawnych dokumentów. Premier Beata Szydło oceniła, że grudniowa zmiana kierownictwa nic nadzwyczajnego. Opozycja mówiła o skandalu, po którym Polska traci wiarygodność w NATO. Sojusz uznał, że to sprawa polskich władz, bo centrum nie jest jeszcze akredytowane przy NATO. Grzegorz Kwolek Krzysztof Zasada