Stokłosa jest w nim oskarżony m.in. o korumpowanie urzędników Ministerstwa Finansów i sędziego Sądu Administracyjnego. Dr Ryszard Balicki z Katedry Prawa Konstytucyjnego Wydziału Prawa, Administracji i Ekonomii Uniwersytetu Wrocławskiego powiedział, że Stokłosa zgodnie z konstytucją będzie dysponował immunitetem i nie można będzie go pociągnąć do odpowiedzialności bez zgody Senatu, ale tylko w przypadku nowych spraw. - Natomiast w zakresie postępowań karnych, które zostały wszczęte przed dniem wyborów, będą one mogły toczyć się dalej. Istnieje możliwość na podstawie artykułu 105 ust. 3 konstytucji zawieszenia postępowania. Taką decyzję musi jednak podjąć Senat - pan Stokłosa musiałby poprosić Senat o objęcie go immunitetem również w zakresie dawnych spraw, który postępowania karne zostały już wszczęte - wyjaśnił Balicki. Według niego, jeśli Stokłosa zostanie nawet skazany prawomocnym wyrokiem za czyny, których postępowanie rozpoczęło się przed wyborami, nadal będzie senatorem. - Gdyby jednak sąd wydał prawomocny wyrok skazujący pana Stokłosę, to nie mógłby on jednak wystartować w kolejnych wyborach, bowiem wówczas objęłaby go regulacja z artykułu 99 ust. 3 konstytucji, mówiącego, że osoba skazana prawomocnym wyrokiem na karę pozbawienia wolności za przestępstwo umyślne, ścigane z oskarżenia publicznego, nie może zostać wybrana do Sejmu i Senatu - dodał. Zgodnie z ustawą o wykonywaniu mandatu posła i senatora, od ogłoszenia wyników wyborów do dnia wygaśnięcia mandatu, parlamentarzysta może być pociągnięty do odpowiedzialności karnej tylko za zgodą Sejmu lub Senatu. Wymóg uzyskania zgody Sejmu lub Senatu na pociągnięcie posła lub senatora do odpowiedzialności karnej dotyczy czynów popełnionych w trakcie kadencji, ale także czynów popełnionych przed dniem ogłoszenia wyników wyborów. Wymóg uzyskania zgody Sejmu lub Senatu na pociągnięcie parlamentarzysty w trakcie kadencji do odpowiedzialności karnej nie dotyczy postępowania karnego wszczętego przed dniem ogłoszenia wyników wyborów, wobec osoby, która została wybrana na posła lub senatora. Przedawnienie w postępowaniu karnym czynu objętego immunitetem nie biegnie w okresie korzystania z immunitetu. Sprawy niezgodnej z prawem działalności Stokłosy zostały zbadane przez prokuraturę po tym jak w 2005 roku nie zdobył on mandatu w wyborach do Senatu. W 2007 r. Stokłosa uciekł za granicę. W listopadzie został na podstawie Europejskiego Nakazu Aresztowania zatrzymany przez niemiecką policję. Prokuratura zbadała 21 zarzutów dotyczących, według śledczych, przestępczej działalności Stokłosy. W akcie oskarżenia liczącym 600 stron są wątki m.in. korumpowania urzędników Ministerstwa Finansów i sędziego Sądu Administracyjnego. Oprócz zarzutów korupcyjnych ma także zarzuty bezprawnego więzienia i bicia swoich pracowników, utrudniania pracy policji w sprawie postępowania dotyczącego zatrucia środowiska naturalnego i wyłudzenia pieniędzy z funduszy Unii Europejskiej. Według oskarżenia Stokłosa miał wręczać urzędnikom Ministerstwa Finansów łapówki w postaci alkoholu i wędlin wartości od kilkuset do kilku tysięcy złotych oraz gotówki w wysokości od 5 tys. do 100 tys. zł, w zależności od kwoty umorzeń podatkowych, które otrzymywał. Proces urzędników z Ministerstwa Finansów toczy się przed sadem Okręgowym w Warszawie. Wśród wielu wątków podczas procesu rozpatrywana jest sprawa umorzeń podatkowych z lat 90-tych ubiegłego wieku, kiedy to firmy Stokłosy miały zapłacić zaległy podatek w wysokości ok 1,3 mln złotych. Zaległości te zostały umorzone w 2001 roku decyzją sędziego Sądu Administracyjnego, który jest współoskarżonym w procesie toczącym się przed sądem w Poznaniu. Ryszard S. w zamian za 20 tys. złotych łapówki miał wydać korzystną dla firm byłego senatora decyzję w sprawie niepłacenia zaległego podatku. Według tego samego aktu oskarżenia w 1998 roku Stokłosa miał, według prokuratury, dopuścić się bezprawnego zatrzymania i więzienia pracowników jego firm podejrzewanych o kradzieże. Ochroniarze senatora mieli w nocy wywabiać z mieszkań podejrzewanych przewieźć ich do zakładu, gdzie podpisywali oświadczenia, o tym, że kradli i następnie byli przetrzymywani w garażu. Dopiero rano zatrzymanych przekazano policji. Według prokuratury firma Farmutil należąca do b. senatora w 2004 roku dokonała przefakturowania zakupu jednego samochodu, służącego do przewozu odpadów poubojowych, tak, aby zakup tego samochodu był dofinansowany z przedakcesyjnego programu operacyjnego unijnego SAPARD - przeznaczonego na modernizację polskiego rolnictwa. Samochód zakupiono w lutym 2004 r., a umowę z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa podpisano w marcu tego roku. Aby zaliczyć w poczet objętych umową samochodów, ciężarówka została odsprzedana firmie handlującej samochodami, a następnie ponownie sprzedana Farmutilowi w kwietniu 2004 roku. Dzięki temu zakup ciężarówki mógł być dofinansowany z funduszy unijnych. W sierpniu 2005 roku urzędnicy Wojewódzkiego Inspektoratu Ochrony Środowiska przeprowadzili kontrole na terenach należących do Stokłosy i wykryli nielegalne składowanie odpadów poubojowych na wysypisku śmieci i na polach wokół Zakładu Rolniczo-Przemysłowego Farmutil HS, który zajmował się m.in. utylizacją odpadów poubojowych. Kontrolerzy znaleźli na jednym z pól zakopane odpady zwierzęce, w tym jedną całą krowę; głowę innej krowy odkryto na nieczynnym wysypisku odpadów należących do zakładów Stokłosy. Stokłosa miał też utrudniać kontrole inspektorów ochrony środowiska w jego zakładach. W 2004 roku prokuratura prowadziła też śledztwa w sprawie zatrzymania na terenie firmy Stokłosy pięciu dziennikarzy TVP, którzy chcieli nakręcić materiał o truciu środowiska przez zakłady Farmutil. Dziennikarze byli przetrzymywani na terenie zakładu i zostali wypuszczeni dopiero po dezynfekcji ich i samochodu. Prokuratura umorzyła w tej sprawie śledztwa przeciwko dziennikarzom i senatorowi uznając, że nie doszło do przestępstwa. Kolejną rozprawę w procesie Stokłosy Sąd Okręgowy w Poznaniu zaplanował na 21 lutego.