Śledczy zarzucają mu przekroczenie uprawnień oraz naruszenie prawa międzynarodowego poprzez "bezprawne pozbawienie wolności" i "stosowanie kar cielesnych" wobec jeńców wojennych. Według informacji gazety, postawienie zarzutów było możliwe dzięki temu, że prokuratura otrzymała od Agencji Wywiadu pełną dokumentację współpracy z CIA w pierwszym okresie wojny z terroryzmem. - W prokuraturze odmówiłem składania wyjaśnień i będę odmawiał na każdym etapie tego postępowania, również w sądzie - powiedział "GW" i "Panoramie" Siemiątkowski, który potwierdził, że usłyszał zarzuty. Jak pisze "GW", warszawska prokuratura postawiła zarzuty byłemu szefowi wywiadu już 10 stycznia, ale nie podała tego do publicznej wiadomości, gdyż sprawa jest ściśle tajna. Domniemanie, że w Polsce - i kilku innych krajach europejskich - mogą być tajne więzienia CIA, wysunęła w 2005 r. organizacja Human Rights Watch. Według HRW takie więzienie w Polsce miało się znajdować na terenie szkoły wywiadu w Kiejkutach lub w pobliżu wojskowego lotniska w Szymanach na Mazurach. Polscy politycy, m.in. ówczesny prezydent Aleksander Kwaśniewski oraz premierzy, wielokrotnie zaprzeczali, by takie więzienia w Polsce istniały. W 2010 r. ujawniono, że oficjalny rejestr lotów do Szyman potwierdza, iż w 2003 r. co najmniej sześć razy lądowały tam samoloty powiązane z CIA. Raport ONZ sformułował zaś przypuszczenie, że w latach 2003-2005 w Kiejkutach przetrzymywano ośmiu podejrzanych o terroryzm więźniów, a polskie władze powołały zespół agentów podporządkowanych Amerykanom i tylko przed nimi odpowiedzialnych. HFPC ujawniła też informacje Straży Granicznej, z których wynikało, że od grudnia 2002 do września 2003 r. siedmioma samolotami gulfstream (używanymi m.in. przez CIA) przywieziono do Szyman 20 osób z Afganistanu, Dubaju i Maroka. Według polskich mediów w śledztwie mieli zostać przesłuchani byli członkowie najwyższych władz, w tym Kwaśniewski, b. premier Leszek Miller i b. szef WSI gen. Marek Dukaczewski. Media spekulowały o możliwości postawienia członków byłych najwyższych władz RP przed Trybunałem Stanu za domniemaną "rezygnację z suwerenności nad częścią terytorium RP". Prokuratura w marcu 2009 r. wystąpiła do USA z wnioskiem o pomoc prawną. W październiku 2009 r. Departament Sprawiedliwości USA odpowiedział, że na podstawie Porozumienia o wzajemnej pomocy prawnej w sprawach karnych wniosek ten nie zostanie zrealizowany, a władze amerykańskie uważają sprawę za zamkniętą. Artykuł porozumienia, na który wówczas powołały się USA, dotyczył możliwości odmowy udzielenia pomocy prawnej, jeżeli wykonanie wniosku mogłoby naruszyć bezpieczeństwo lub inny podobny, istotny interes państwa wezwanego.