Cenckiewicz był jednym ze świadków w procesie, jaki b. prezydent Lech Wałęsa wytoczył byłemu działaczowi Wolnych Związków Zawodowych Krzysztofowi Wyszkowskiemu. Wałęsa zarzucił Wyszkowskiemu naruszenie swych dóbr osobistych. Sprawa dotyczy telewizyjnej wypowiedzi Wyszkowskiego z 16 listopada 2005 r. o domniemanej agenturalnej przeszłości b. prezydenta. W tym samym dniu Wałęsa otrzymał od Instytutu Pamięci Narodowej status pokrzywdzonego. Zapowiedział wówczas, że będzie od tego momentu pozywał do sądu osoby, które nadal będą twierdzić, iż był on agentem służb specjalnych PRL. Wałęsa domaga się od b. działacza WZZ przeprosin oraz 40 tys. zł zadośćuczynienia na rzecz Szpitala Dziecięcego w Gdańsku-Oliwie. Zeznając przed sądem Cenckiewicz przyznał, że w 2003 roku rozmawiał z Krzysztofem Wyszkowskim o niedawno odkrytych dokumentach, których treść sugerowała - zdaniem historyka, że Lech Wałęsa między grudniem 1970 a czerwcem 1976 roku był tajnym współpracownikiem SB o pseudonimie Bolek. Cenckiewicz wyjaśnił, że mowa o dokumentach, na których m.in. oparł wydaną w 2008 roku książkę "SB a Lech Wałęsa" zawierającą tezę o współpracy Wałęsy z SB. Historyk powiedział, że wstępna analiza dokumentów przeprowadzona w 2003 roku pozwalała postawić taką tezę, a dalsze prace nad weryfikacją dokumentów tezę tę potwierdziły. Na prośbę sądu Cenkiewicz wymienił także całą listę dokumentów, którymi - jego zdaniem, nie dysponował sąd lustracyjny wydający w 2000 r. wyrok poświadczający, że Wałęsa nie współpracował z SB. Wałęsy nie było na wtorkowej rozprawie. Reprezentowała go mecenas Ewelina Walońska, która pytana przez PAP powtorzyła, że wszystkie dokumenty, na jakich oparty jest zarzut współpracy Wałęsy z SB to kserokopie bądź notatki, z których żadna nie jest opatrzona własnoręcznym podpisem b. prezydenta. We wtorek okazało się, że Cenckiewicz był ostatnim świadkiem w procesie, jaki Wałęsa wytoczył Wyszkowskiemu. Sąd oddalił tego dnia wnioski dowodowe powoda (Wyszkowski chciał, by - poza Cenckiewiczem i paroma innymi wcześniej przesłuchanymi osobami) w procesie przesłuchano ponad 110 innych osób, w tym m.in. Bogdana Borusewicza, Jana Olszewskiego, Jarosława Kaczyńskiego, Bronisława Komorowskiego, Antoniego Macierewicza, Andrzeja Milczanowskiego, a także b. funkcjonariuszy SB i robotników ze Stoczni Gdańskiej, na których miał donosić Wałęsa. Po oddaleniu wniosków sąd zamknął przewód i ogłosił, że na początku sierpnia wyznaczony zostanie termin wydania wyroku. Sprawa dotycząca wypowiedzi Wyszkowskiego, w której ten zarzucił Wałęsie agenturalną przeszłość toczy się w gdańskim sądzie już po raz trzeci. Wcześniej, gdański sąd okręgowy dwukrotnie uznawał winę Wyszkowskiego, sprawa wracała jednak na wokandę w wyniku apelacji złożonych przez b. działacza WZZ.