Ciało Stanisława Pyjasa znaleziono 7 maja 1977 r. w bramie kamienicy przy ul. Szewskiej w Krakowie. Od maja 2008 roku piąte już śledztwo w tej sprawie prowadzi krakowski IPN.Jak poinformował prowadzący śledztwo prok. Ireneusz Kunert, akta sprawy zostały poddane konserwacji. Prace wykonało Biuro Udostępniania i Archiwizacji Dokumentów IPN, trwały pół roku. Akta, w których znajdują się dokumenty wszystkich śledztw to 16 tomów w twardej płóciennej oprawie. Zlikwidowano występujące na nich, a groźne dla ludzi grzyby; pożółkłe kartki, które kruszyły się w dłoniach, zostały zakonserwowane i odpowiednio podklejone, brzegi zabezpieczone, a ubytki uzupełnione. Akta przeniesiono również na nośniki CD. Specjalne miejsce w aktach, w kartonowym pudełku, znalazła także paczka papierosów "Sport", znaleziona przy zmarłym. W toku śledztwa prok. Kunert wstępnie zapoznał się z aktami współpracy z SB boksera Mariana W., który - według jednej z wersji śledztwa - mógł śmiertelnie pobić Pyjasa na zlecenie SB. - Nie stwierdziłem w nich jak na razie żadnych materiałów, mogących świadczyć o jego związku ze śmiercią Stanisława Pyjasa - powiedział prok. Kunert. Dodał, że przewiduje jeszcze przesłuchanie pięciu świadków oraz analizę pozostałych dokumentów po byłej SB i protokołów z posiedzeń KC PZPR w 1977 r. Wystąpi także o dokumenty archiwalne z innych instytucji oraz o przeprowadzenie opinii grafologicznej w stosunku do jednego z dokumentów. Podejmie także działania zmierzające do pozyskania dalszej części tzw. materiałów surówkowych do filmu "Trzech kumpli" w reż. Anny Ferens i Ewy Stankiewicz, które nie znalazły się w filmie. Dopiero po analizie wszystkich materiałów prokurator podejmie ostateczną decyzję w sprawie śledztwa. Prawdopodobnie nastąpi to pod koniec roku. Ciało Stanisława Pyjasa znaleziono 7 maja 1977 r. w bramie kamienicy przy ul. Szewskiej w Krakowie. Prokuratura umorzyła wówczas śledztwo, uznając, że zebrany materiał dowodowy "prowadzi do wniosku, że wyłączną przyczyną śmierci Stanisława Pyjasa był nieszczęśliwy wypadek spowodowany przez niego samego". Według prokuratury najprawdopodobniej znajdujący się w stanie "poważnego stanu nietrzeźwości" student potknął się o nierówności posadzki. "To spowodowało nieamortyzowany rękami upadek, utratę przytomności, obrażenia i krwotok, w wyniku którego nastąpiło zachłyśnięcie się i uduszenie" - stwierdzono w uzasadnieniu. Dla przyjaciół i znajomych Pyjasa ta wersja okoliczności jego śmierci była niewiarygodna; wiedzieli, że interesowała się nim SB. Śmierć Pyjasa była impulsem do utworzenia w 1977 r. Studenckiego Komitetu Solidarności. Śledztwo wznowiono w 1991 r., a potem jeszcze kilkakrotnie podejmowano i umarzano z powodu niemożności wykrycia sprawców. Według ustaleń prokuratury Pyjas został śmiertelnie pobity. Od maja 2008 roku śledztwo prowadzi krakowski IPN. W toku tego śledztwa w kwietniu 2010 ekshumowano szczątki Stanisława Pyjasa. Część rodziny Stanisława Pyjasa domagała się ekshumacji szczątków, przychylając się do wersji mówiącej o zabójstwie strzałem w głowę. Było to spowodowane emisją filmu "Trzech kumpli", w którym jeden z rozmówców wyrażał taką opinię. Wersji zastrzelenia Stanisława Pyjasa nie potwierdzał opis jego obrażeń; śladów postrzału nie stwierdzili też biegli po ekshumacji. Badający szczątki biegli trzykrotnie potwierdzili tezę o śmierci Stanisława Pyjasa w wyniku upadku z wysokości. Za pierwszym razem wniosek taki sformułowali w opinii ze stycznia 2011 r., w której odpowiadali na 22 pytania zadane przez prokuratora. Podobne wnioski znalazły się w dwóch kolejnych opiniach uzupełniających, w których odpowiadali na dalsze 33 pytania prokuratora. W każdej z opinii biegli konsekwentnie i jednoznacznie potwierdzali wersję, że przyczyną śmierci był upadek z wysokości co najmniej 7 metrów. Zastrzeżenia do takich wniosków na temat przyczyn śmierci Pyjasa wyrażali jego przyjaciele, a niektórzy członkowie rodziny złożyli w tej sprawie zawiadomienie do prokuratury. W lutym 2012 łódzka prokuratura uznała, że nie ma dowodów na to, że biegli popełnili przestępstwo i przedstawili fałszywą opinię. Wcześniej podobne śledztwo przeciwko biegłym, wszczęte z zawiadomienia tej samej krewnej, umorzyła prokuratura w Krakowie. W celu zweryfikowania wersji biegłych IPN w sierpniu 2011 r. wystąpił do Instytutu Ekspertyz Sądowych o opinię z zakresu biomechaniki dotyczącą tego, czy Stanisław Pyjas mógł spaść ze schodów i doznać śmiertelnych obrażeń w miejscu, gdzie go znaleziono. Uzyskana w połowie 2012 roku opinia potwierdziła taką możliwość. Zdaniem biegłych IES, analiza biomechaniczna, biomedyczna i kryminalistyczna doprowadziły do wniosków, że wszystkie obrażenia na ciele Stanisława Pyjasa są spójne z możliwością upadku ciała przynajmniej z poziomu drugiego piętra schodów. Najbardziej prawdopodobna wersja to upadek ze wskazanych przez biegłych miejsc na klatce schodowej, odbicie się od barierki poniżej i uderzenie lewym bokiem o posadzkę - wskazali biegli. Jednocześnie stwierdzili, że nie ma możliwości ustalenia, czy Pyjas spadł sam czy też został zepchnięty. Wskazali też, że materiał sprawy nie potwierdza użycia wobec Stanisława Pyjasa drastycznej formy przemocy - co ich zdaniem nie wyklucza, że użyto przemocy niepozostawiającej śladów. Biegli, którzy przeprowadzili analizy i symulacje wielu wariantów upadku z różnych pozycji początkowych, podkreślili, że bardzo istotne dla ustalenia całościowej wersji dotyczącej przyczyn obrażeń były badania kośćca po ekshumacji i znalezienie nowych obrażeń w obrębie miednicy i kończyny dolnej. IPN informował wówczas, że w śledztwie uzyskano już sześć opinii biegłych i cztery uzupełniające i nie będzie wniosków o kolejne. Do tej pory zarzuty utrudniania śledztwa z lat 70. przedstawiono sześciu osobom. Według prokuratury w wyniku ich działalności zaprzepaszczono szanse na ustalenie okoliczności śmierci Pyjasa. Trzech z oskarżonych zmarło w toku postępowania, dwóch zostało prawomocnie skazanych, zaś proces przeciw b. wiceministrowi SW gen. Bogusławowi Stachurze, z powodu złego stanu zdrowia oskarżonego został zawieszony, a po jego śmierci umorzony.