Pasażerowie zorientowali się, że coś jest nie w porządku, gdy kapitan wybiegł z kokpitu i usiłował dostać się do zajętej toalety. Robił się coraz bardziej roztrzęsiony. Personel usiłował go uspokoić, odprowadzono go na tył samolotu, aby nie mógł wrócić za stery. W pewnej chwili kapitan poderwał się z miejsca, zaczął biec przejściem między fotelami i krzyczeć o bombie, Afganistanie, Iraku, Iranie, Al-Kaidzie i wzywać ludzi do modlitwy. Wtedy czterech pasażerów obezwładniło go i związało. Ponad 20 minut przytrzymywali go na podłodze. W tym czasie drugi pilot oraz jeden z pasażerów, który jest pilotem, wylądowali w Amarillo. Powody zachowania kapitana nie są jeszcze znane. Nie wyklucza się załamania nerwowego lub choroby psychicznej. Został zabrany do szpitala. Dyrektor naczelny JetBlue Dave Barger powiedział w środę, że osobiście zna tego kapitana i że nie zaobserwowano wcześniej u niego żadnych niepokojących oznak.