Hayden, który wypowiadał się w tej sprawie w wystąpieniu w Chicago na spotkaniu lokalnej Rady ds. Polityki Globalnej, przyznał jednak, iż program ten może być uznany za "bardzo kontrowersyjny". Zastrzegł, iż w ramach tego programu tylko mniej niż jedna trzecia zatrzymanych "była poddawana specjalnym metodom przesłuchań". Hayden dodał, że wyjaśnienie tej sprawy stało się głównym priorytetem jego działań od momentu objęcia kierownictwa w CIA w maju 2006 roku. Zdaniem amerykańskich organizacji praw człowieka, tortury miałyby być stosowane w tworzonych przez CIA tzw. czarnych miejscach, czyli prowadzonych przez siebie tajnych więzieniach za granicą. Organizacje te twierdzą, że niektóre z tych więzień znajdowały się na terenie Polski i Rumunii. Oba państwa temu zaprzeczają.