. W 1996 r. uniewinniono go, a w 2004 r. skazano na dwa lata więzienia w zawieszeniu. Oba wyroki uchylał potem Sąd Apelacyjny w Warszawie. Według aktu oskarżenia, Kiszczak umyślnie sprowadził "powszechne niebezpieczeństwo dla życia i zdrowia ludzi", wysyłając 13 grudnia 1981 r. tajny szyfrogram do jednostek milicji, mających m.in. pacyfikować zakłady strajkujące po wprowadzeniu stanu wojennego. Zdaniem prokuratury, bez podstawy prawnej Kiszczak przekazał w nim dowódcom poszczególnych oddziałów MO swe uprawnienia do wydania rozkazu użycia broni przez te oddziały, co było podstawą działań plutonu specjalnego ZOMO, który 15 i 16 grudnia strzelał w kopalniach "Manifest Lipcowy" i "Wujek". Prokurator żądał za to dla 82-letniego Kiszczaka kary czterech lat więzienia, zmniejszonej na mocy amnestii z 1989 r. o połowę, i zawieszenia jej do pięciu lat. Kary "adekwatnej do winy" domagali się pełnomocnicy górników. Podsądny i jego obrońca wnosili o uniewinnienie. Kiszczakowi groziło do 10 lat więzienia. Sąd uznał, że Kiszczak - będąc jako szef MSW zobowiązany dekretem Rady Państwa o stanie wojennym z 12 grudnia 1981 r. do określenia prawnych zasad użycia broni przez oddziały MO - nie wypełnił tego obowiązku, poprzestając na wydaniu szyfrogramu, przez co nieumyślnie sprowadził niebezpieczeństwo powszechne dla życia i zdrowia górników. Jak powiedział sędzia Ireneusz Szulewicz w ustnym uzasadnieniu wyroku, zarzut, by Kiszczak wydał szyfrogram bez podstawy prawnej, jest chybiony. Sąd powołał się na opinię Sądu Apelacyjnego w Warszawie, który uchylając poprzedni wyrok wobec Kiszczaka ocenił, że dekret o stanie wojennym "stanowił prawo obowiązujące od chwili jego uchwalenia, a nie zaś - ogłoszenia" (dekret ogłoszono w "Dzienniku Ustaw" dopiero 17 grudnia). Sąd uznał, że szyfrogram nie był rozkazem, lecz tylko powieleniem dekretu - z jednym zastrzeżeniem: Kiszczak dopisał na szyfrogramie, że strzelanie jest możliwe jedynie wobec zagrożenia życia milicjantów. - Jeśli uznajemy, że szyfrogram jest powieleniem obowiązującego dekretu o stanie wojennym i uznajemy, że samo prawne dopuszczenie użycia broni palnej przez oddziały zwarte MO było przestępstwem - a to nastąpiło przecież w dekrecie - to odpowiadać za to mogą osoby, które uchwaliły dekret bądź podżegały do jego wydania; w tym procesie oskarżony takiego zarzutu nie ma - oświadczył sędzia (wkrótce ma się zacząć proces twórców stanu wojennego, w tym Wojciecha Jaruzelskiego, Kiszczaka oraz żyjących członków Rady Państwa - red.). Sąd zwrócił uwagę, że Kiszczak zabronił użycia broni w "Wujku", gdy 16 grudnia zwracał się o to do niego szef katowickiej milicji płk Jerzy Gruba - mimo to członkowie ZOMO użyli broni. Według sądu, mogli mieć oni przekonanie, że ich działanie było prawidłowe i akceptowane przez przełożonych - skoro nie wycofano ich z akcji w "Wujku", choć dzień wcześniej strzelali oni także w "Manifeście Lipcowym". - Nie da się wykluczyć, że gdyby oskarżony wprowadził szczegółowe zasady i tryb użycia broni przez oddziały zwarte, tragedii tej dałoby się uniknąć, a więc zaniechanie oskarżonego miało wpływ na powstanie sytuacji powszechnego zagrożenia - dodał sędzia.