Tuż przed rozpoczęciem biegu jego trasa została skrócona o połowę, a chwilę po starcie całkowicie zmieniono jej przebieg. Zaplanowana na 10 km trasa wzdłuż wybrzeża Pacyfiku, oblegana przez tłumy ludzi demonstrujących przeciwko chińskim represjom w Tybecie, ze względów bezpieczeństwa została w ostatniej chwili skrócona o połowę. Wcześniej trzech spośród 80 uczestników sztafety zrezygnowało nagle z biegu, w obawie przed zamieszkami. Niedługo po starcie - o godz. 13 czasu lokalnego - sportowiec niosący znicz olimpijski zniknął nagle w jednym z nabrzeżnych budynków. Ku zaskoczeniu zgromadzonych wzdłuż oficjalnej trasy demonstrantów, po godzinie okazało się, że pochodnię przewieziono 2 km w głąb miasta, na jedną z jego głównych arterii. Po incydentach towarzyszących sztafecie olimpijskiej w Paryżu i Londynie, władze San Francisco zmobilizowały do ochrony znicza znaczne oddziały służb bezpieczeństwa. Mimo to, jak podała lokalna rozgłośnia radiowa KCBS, w południe doszło do starć pomiędzy protybetańskimi a prochińskimi demonstrantami. San Francisco jest szóstym i jedynym w Ameryce Północnej etapem sztafety olimpijskiej, która zakończy się w Pekinie.