Williams wystąpił w poniedziałek w programie gwiazdora publicystyki prawicowej telewizji Fox News, Billa O'Reilly, który zapytał go, czy jego zdaniem "Ameryka ma problem z muzułmanami". O'Reilly sam był niedawno bohaterem incydentu w programie telewizji ABC "The View", gdzie obwiniał muzułmanów o atak terrorystyczny 11 września 2001. Dwie uczestniczki dyskusji z jego udziałem demonstracyjnie wyszły ze studia, gdy O'Reilly krytykował muzułmanów. W odpowiedzi na pytanie O'Reilly'ego o islam Williams najpierw podkreślił, że "nie ma uprzedzeń" etniczno-religijnych, ale potem powiedział: "Kiedy wsiadam do samolotu i widzę pasażerów w muzułmańskim stroju, myślę, że utożsamiają się oni przede wszystkim jako muzułmanie, i zaczynam się niepokoić i denerwować". Williams przestrzegł jednocześnie, żeby nie traktować wszystkich muzułmanów jako "ekstremistów". Mimo to w środę został zwolniony przez NPR za swoją wypowiedź. "Jego uwagi w programie 'O'Reilly Factor' w poniedziałek były niezgodne z naszymi dziennikarskimi standardami i praktykami i podważyły jego wiarygodność jako analityka wiadomości w NPR" - oświadczyło radio. Williams, który jest Afroamerykaninem, zawsze głosił poglądy liberalno-postępowe, zgodne z linią Partii Demokratycznej, w tym także w czasie swych stałych występów w konserwatywnej Fox News. Jego ukaranie wywołało lawinę krytyki. Telewizja Fox News, która od dawna wypomina radiu NPR nieobiektywność i "przechył lewicowy", komentuje to jako rekord poprawności politycznej. W tym duchu wypowiedział się m.in. były republikański przewodniczący Izby Reprezentantów Newt Gingrich. Zwolnienie Williamsa potępiła nawet jako "oburzające" liberalna aktorka Whoopi Goldberg - ta sama, która we wspomnianym programie telewizji ABC wyszła ze studia w proteście przeciw krytyce muzułmanów przez Billa O'Reilly. W internecie na stronie internetowej NPR z wiadomością o zwolnieniu Williamsa przytłaczająca większość wpisów krytykuje tę decyzję. Niektórzy internauci zapowiadają, że nie będą wspierać radia donacjami. Radio publiczne w USA działa głównie dzięki datkom od słuchaczy. Dotacje Kongresu stanowią znacznie mniejszą część jego dochodów, podobnie jak publicznej telewizji PBS. Po incydencie z Williamsem znany polityk republikański, były gubernator Arkansas Mike Huckabee wezwał Kongres do obcięcia subwencji dla radia NPR.