Tytuł ma znaczenie symboliczne. Jądrem ciemności może być zmierzanie do środka ziemi, docieranie do tego, co tajemnicze i zarazem niebezpieczne (Marlow przed wyprawą w górę rzeki ma przeczucie, że będzie to podróż "do środka ziemi, a nie w głąb Afryki").
Jądrem ciemności może być też cel wyprawy Marlowa (rozumiany jako dziewiczy gąszcz), którą nazywał zmierzaniem do początków świata: "Przenikaliśmy coraz głębiej do jądra ciemności. Panowała tam kompletna cisza. Nocą słychać było czasem warkot bębnów [...]. Wydawało się, że wędrujemy do prehistorycznej ziemi, która w dodatku kojarzyła się z jakąś nieznaną planetą".
Sama postać Kurtza, uosobienia zła, może być jądrem ciemności. Marlow mówi o nim: "Jego słowa, dar wyrażania myśli - zachwycający, przynoszący oświecenie, najbardziej wzniosły i godny największej pogardy, pulsujący strumień światła lub złudna struga wypływająca z jądra niezgłębionej ciemności" (umysł Kurtza nazwany jest wprost jądrem ciemności).
Mroczność w kontekście noweli Conrada jest gąszczem dzikiej dżungli, zagrożeniem płynącym z natury wobec ludzi nieprzystosowanych do panujących tam warunków klimatycznych. Ta ciemność to także zło rodzące się w człowieku, który skłonny jest do bezwzględnych działań w imię zysku lub poczucia, że jest kimś lepszym.
