Powieść rozpoczyna szczegółowa prezentacja głównego bohatera, Zenona Ziembiewicza. Jego dzieje śledzimy od momentu, kiedy to jako syn ubogiego ziemianina zarządzającego cudzym majątkiem i zarazem uczeń ósmej klasy gimnazjum zakochuje się w Elżbiecie Bieckiej - późniejszej żonie do momentu jego tragicznej śmierci (samobójstwa) będącego skutkiem romansu z Justyną Bogutówną, nieślubną córką domowej kucharki.
"Granica" posiada budowę ramową. Rozpoczyna się od przedstawienia tego, co zgodnie z porządkiem chronologicznym powinno być na końcu. Na pierwszych kilkunastu stronach powieści znajdujemy już właściwie cały opis wydarzeń i postaci biorących w nich udział. Losy głównego bohatera nie stanowią żadnej tajemnicy. Motywacja dzieła Zofii Nałkowskiej jest bardziej psychologiczna niż fabularna.
W rozdziale pierwszym powieści poznajemy kilka faktów z przeszłości nieżyjącego Zenona (dzieciństwo bohatera i jego ogromna ambicja).
Kolejny rozdział prezentuje Elżbietę Biecką, która uczy się w żeńskim gimnazjum. Zenon podziwia w niej kobiecość i kulturę. Ta natomiast cierpi z powodu nieszczęśliwej miłości do mężczyzny starszego od siebie, martwią ją też złe warunki życia mieszkańców kamienicy, która jest własnością jej rodziny. Nie potrafi również porozumieć się z ciotką, Cecylią Kolichowską, którą bardzo kocha.
Zenon pomaga Elżbiecie w nauce. Jest nią zafascynowany, lecz ta traktuje go chłodno. Bohatera zachwyca również eleganckie mieszkanie pani Cecylii.
Trzeci i czwarty rozdział prezentuje emocjonalne rozterki Elżbiety. Dziewczynka została odrzucona przez matkę, która oddała ją na wychowanie ciotce Kolichowskiej. Elżbieta bardzo cierpi z tego powodu, nie potrafi wybaczyć matce tego, że się jej pozbyła.
Kolejne dwa rozdziały przenoszą nas do rodzinnego domu Zenona, do Boleborzy. Młodzieniec, radykalizujący student, wraca z Paryża na wakacje i spotyka Justynę Bogutównę, córkę kucharki. Dziewczyna bardzo szybko zakochuje się w Zenonie i zostaje jego kochanką.
Ziembiewicz wyjeżdża do miasta. Aby zdobyć środki finansowe na wyjazd do Paryża i ukończenie studiów, podejmuje pracę dziennikarską i wpada w system rozmaitych powiązań. Odnawia też znajomość z Elżbietą, której mówi o swym paryskim romansie, już skończonym. Nie wspomina ani słowem o związku z Justyną. Uczucie między panną Biecką a Zenonem oparte jest na pozorach. Ziembiewicz zaciąga pożyczkę i wyjeżdża wreszcie do Paryża. Tęsknota umacnia uczucia tych dwojga, którzy jednak zostają pozbawieni możliwości bliższego poznania się. Kiedy Zenon przebywa w Paryżu, umiera stara Bogutowa. Justyna przenosi się do miasta, gdzie zamieszkuje suterenę w kamienicy pani Kolichowskiej.
Dalsza część dzieła informuje o powrocie Ziembiewicza do kraju. Jego życie zawodowe oraz osobiste zaczyna układać się pomyślnie. Zostaje naczelnym redaktorem miejskiej gazety, Elżbieta dochowała mu wierności. Jedynym problemem jest odnowiony romans z Justyną, którą spotyka już pierwszego dnia po powrocie. Zabiera ją do hotelowego pokoju. Tam dziewczyna wypłakuje się w jego ramionach. Okazuje się, iż rodzice Ziembiewicza nie wypłacili jej zaległej pensji. Bohater obiecuje, iż zdobędzie dla niej pieniądze. Związek ten dla Justyny jest czymś ważnym i normalnym, dla Zenona to tylko epizod, mało znaczący.
Bogutówna przychodzi do Ziembiewicza po pieniądze, lecz ten nie ma jeszcze całej kwoty. Ich spotkania stają się regularne. Dziewczyna myśli, iż jej ukochany czuje to, co ona. Jest jednak w błędzie. Zenon traktuje ją lekceważąco, jest mu potrzebna do zaspokojenia namiętności. Bohater prowadzi podwójne życie. Z jednej strony - wymarzony, idealny związek z Elżbietą, z drugiej zaś - romans z Justyną. Sytuacja komplikuje się jeszcze bardziej, gdy ta zachodzi w ciążę. Zenon jest przerażony. Usiłuje namówić kochankę do usunięcia ciąży, lecz ta sprzeciwia się. W takiej sytuacji wyznaje Elżbiecie prawdę o swym podwójnym życiu. Kobieta jest zaskoczona, a kiedy dowiaduje się o ciąży Justyny, chce odejść. Zenon zmusza ją, by pozostała. Dochodzi między nimi do fizycznego zbliżenia.
Elżbieta wzywa do siebie Bogutównę pod pretekstem wypełniania karty meldunkowej. Zamiast namówić ją na zabieg, oferuje jej pomoc. Mówi też, iż zrywa zaręczyny z Zenonem. Następnego dnia wyjeżdża do Warszawy, a ukochanemu pozostawia list.
Ziembiewicz nie może zrozumieć decyzji Elżbiety. Justyna wyjaśnia mu wszystko. Ten robi jej straszną awanturę i daje pieniądze, które stanowią ostatnią ratę zaległej pensji i są jednocześnie kwotą wystarczającą na wykonanie nielegalnej aborcji.
Elżbieta, będąc w Warszawie, dochodzi do wniosku, iż jej decyzja była niedojrzała. Tęskni za Zenonem. Ten wreszcie przyjeżdża i informuje ją, że wszystko zostało pomyślnie załatwione. Panna Biecka nie pyta o szczegóły, chce wierzyć, że wszystko się ułoży. Przedstawia matce narzeczonego i postanawia rozpocząć jak najszybciej przygotowania do ślubu.
Młodzi wracają do Warszawy. Okazuje się jednak, iż Justyna wcale nie zniknęła z ich życia. Zenon regularnie ją odwiedza. Obawia się bowiem, iż załamana usunięciem ciąży, może zrobić coś strasznego. Elżbieta załatwia jej pracę w sklepie tekstylnym, a następnie w cukierni. Zapewnia jej też opiekę medyczną.
Zenon pnie się po szczeblach kariery, zostaje prezydentem miasta, żeni się z ukochaną kobietą, a wkrótce na świecie pojawia się ich syn. W opiece nad dzieckiem pomaga Elżbiecie owdowiała teściowa. Karol Wąbrowski, syn - inwalida pani Kolichowskiej powraca po długim leczeniu i studiach w Paryżu do domu. Uszczęśliwia tym matkę, która, niestety, wkrótce potem umiera.
Sielankowe życie Ziembiewiczów zakłóca tylko nieszczęśliwa Justyna, która zapada na chorobę nerwową. Młodzi są jej stanem poruszeni. Zdają sobie również sprawę z tego, jak silny i niszczący wpływ wywiera ona na ich małżeństwo. Elżbieta zaczyna obawiać się o bezpieczeństwo swojej rodziny, co wywołuje u Zenona oburzenie, gdyż, jak twierdzi, agresja nigdy nie była w naturze Justyny. Obawia się jedynie, iż może ona popełnić samobójstwo.
Ziembiewicz popada w trudności. W miejskim budżecie brakuje pieniędzy na inwestycje, a w dużej fabryce wybucha strajk. Kiedy wzburzony tłum dociera pod magistrat, Zenon wymyka się tylnym wyjściem. Poleca policji, aby rozpędziła demonstrantów strzałami.
Bohater dręczony jest poczuciem winy, oskarżony o wydanie rozkazu otwarcia ognia do manifestujących robotników. Szuka samotności. Na zarzuty żony reaguje agresywnie. Szaleństwo Justyny pogłębia się znacznie. Pewnego poranka wchodzi do gabinetu Zenona i oblewa jego twarz żrącym kwasem, a sama usiłuje wyskoczyć przez okno.
Bohater traci wzrok, a gdy dowiaduje się, iż nigdy go nie odzyska, odbiera sobie życie: "W niecały tydzień po tym powrocie do domu rozeszła się wiadomość o jego samobójstwie. Popełnił je, strzelając sobie z rewolweru w usta".
Sprawa śmierci Zenona zostaje wyciszona, gdyż skandal mógłby tylko zaszkodzić jego rodzinie. Elżbieta wyjeżdża na stałe za granicę, a swego synka pozostawia pod opieką teściowej. Czyn Justyny zostaje wyjaśniony jako wynik choroby psychicznej.
