Goszczyński pracuje w biurze przestępczości zorganizowanej. Ten nadzoruje najpoważniejsze śledztwa prowadzone w prokuraturach apelacyjnych kraju, dotyczące mafii paliwowej czy korupcji. Przed objęciem jesienią 2001 roku funkcji wiceszefa ABW Goszczyński był formalnie prokuratorem Prokuratury Apelacyjnej w Warszawie, delegowanym do Prokuratury Krajowej. 22 września wrócił z ABW do prokuratury decyzją Kalwasa. Ten ostatni za chwilę przestanie rządzić, a na łaskawość nowych władz Goszczyński nie ma co liczyć. Za prokuratorem nie przepada Lech Kaczyński, który jak minister sprawiedliwości w 2001 roku odwołał Goszczyńskiego z funkcji zastępcy szefa warszawskiej prokuratury okręgowej. Powodem odwołania były zarzuty wysuwane m.in. przez media. Jeden z nich dotyczył decyzji Goszczyńskiego, by zwolnić z aresztu groźnego przestępcę Adama D., syna bossa gangu pruszkowskiego Leszka D., ps. Wańka. Była też sprawa 100-metrowego mieszkania w centrum stolicy, które dostał z przydziału dla prokuratorów. Goszczyński wykupił je na własność za niecałe 100 tys. złotych. Goszczyński wyjaśniał wtedy, że kwestia ta była badana przez dwie prokuratury, które nie stwierdziły przestępstwa.