W Polsce część nowoczesnych szczepionek jest zalecanych, ale nie są refundowane z budżetu.Międzynarodowa organizacja pozarządowa Lekarze bez Granic (Mdecins Sans Fronticres) wyliczała, że w latach 2001-2014 aż 68 razy wzrosły koszty zaszczepienia jednego dziecka wszystkimi dostępnymi obecnie preparatami ochronnymi. Głównym tego powodem są wysokie ceny preparatów nowej generacji wprowadzonych w ostatnich latach. W 2001 r. były jedynie dostępne szczepionki m.in. przeciwko gruźlicy, tężcowi, krztuścowi, odrze, dyfterytowi oraz polio. W ostatnich 15 latach liczba wszystkich preparatów ochronnych zwiększyła się dwukrotnie. Obecnie dostępne są również szczepionki przeciwko pneumokokom, różyczce, Haemophilus influenzae typu B, rotawirusom oraz wirusom brodawczaka ludzkiego (HPV). Rohit Malpani z organizacji Lekarze bez Granic podkreśla, że nowe szczepionki są znacznie droższe, ale wzrosły również ceny niektórych starych preparatów. Na przykład szczepionka przeciwko tężcowi jest o 127 proc. droższa niż 15 lat temu. Specjalista zwraca również uwagę, że szczególnie kosztowne jest szczepienie przeciwko wywołującym groźne zapalenie płuc pneumokokom. W krajach o mniejszych przychodach przypada na nie aż 45 proc. kosztów wszystkich szczepień. Producenci szczepionek ich wysokie ceny tłumaczą dużymi kosztami ich opracowania i produkcji. Przykładem jest preparat chroniący przed pneumokokami, który jest jednym z najbardziej zawansowanych i skomplikowanych produktów biologicznych, jakie dotąd opracowano - napisała w oświadczeniu do organizacji Lekarze bez Granic firma Pfizer. Malpani twierdzi jednak, że powinna być większa transparentność ze strony firm farmaceutycznych co do faktycznych kosztów produkcji szczepionek. Dodaje, że w ceny tych produktów są mocno zróżnicowane w poszczególnych krajach. Przykładowo, te chroniące przed pneumokokami są w Maroku i Tunezji droższe niż we Francji. Raport "The Right Shot Report: Bringing Down Barriers to Affordable and Adapted Vaccines" wylicza, że Pfizer jedynie ze sprzedaży szczepionek przeciwko pneumokokom w latach 2010-2013 uzyskał 15,9 mld USD. W tym samym okresie GlaxoSmithKline sprzedało preparaty chroniące przed rotawirusami za 3 mld USD. Z kolei firma MSD za sprzedaż szczepionek przeciwko wirusom brodawczaka ludzkiego uzyskała 8 mld USD w ostatnich siedmiu latach. W Polsce wszystkie trzy szczepionki, przeciwko pneumokokom, rotawirusom i wirusom brodawczaka ludzkiego są zalecane, ale państwo ich nie refunduje. Podczas VI Ogólnopolskiego Dnia Szczepień, które w połowie grudnia 2014 r. odbyło się w Warszawie, dyrektor departamentu matki i dziecka ministerstwa zdrowia Dagmara Korbasińska powiedziała, że nie ma wciąż na to środków z budżetu. "Na wszystkie szczepienia obowiązkowe, refundowane przez państwo, ministerstwo zdrowia przeznacza ogółem prawie 130 mln zł, tymczasem koszty pełnej refundacji szczepionek chroniących przed pneumokokami mogłyby wynieść nawet 280 mln zł. Gdyby je włączono do obowiązkowego kalendarza szczepień, wydatki na ten cel musiałyby się zwiększyć nawet kilkukrotnie" - powiedziała. Prof. Ewa Bernatowska z kliniki immunologii Centrum Zdrowia Dziecka w Warszawie podkreśliła podczas VI Ogólnopolskiego Dnia Szczepień, że Polska jest jedynym krajem w Unii Europejskiej, w którym u wszystkich dzieci do 2. roku życia szczepionki przeciwko pneumokokom nie są jeszcze refundowane.