Zamiar kandydowania w wyborach prezydenckich Czaputova zgłosiła w maju 2018 r., gdy była wiceprzewodniczącą liberalnej partia Postępowa Słowacja (PS). Nie była publicznie znana, współpracowała z organizacjami pozarządowymi a także z urzędem miejskim w rodzinnym Pezinoku na przedmieściach Bratysławy. Szerzej znana stała się po zakończonej sukcesem 14-letniej walce przeciwko wysypisku śmieci w rodzinnej miejscowości. Czaputova pokonała całą drogę prawną od sądu pierwszej instancji, przez Sąd Najwyższy, po europejski wymiar sprawiedliwości. Została uhonorowana nagrodą Goldmana, która jest nazywana Noblem obrońców środowiska. "Za sensowną uważam pracę, która służy czemuś ważnemu. Tematyka ochrony środowiska jest bliska podstawowym problemom, takim jak zdrowie i życie. Dlatego też jako prawniczka zaczęłam zajmować się tą tematyką" - mówiła wówczas lokalnej gazecie. Współpracowała także ze stowarzyszeniem Via Iuris, które wspiera obywateli w obronie ich praw i we współdecydowaniu o sprawach publicznych. Współpracę ze stowarzyszeniem przerwała, wkraczając do polityki. Czaputova w 2017 roku przystąpiła do powstającej wówczas PS i została jej wiceprzewodniczącą. Z tej funkcji zrezygnowała po przejściu do drugiej tury wyborów prezydenckich. W kampanii wyborczej zwracano uwagę na jej liberalne poglądy, m.in. na gotowość przyzwolenia na rejestrowane partnerstwo osób tej samej płci i na adopcję dzieci przez takie pary. Na krytykę w tej kwestii Czaputova odpowiadała, że są to jej osobiste przekonania, a nie program wyborczy. W drugiej turze kampanii Czaputova pokonała wiceprzewodniczącego Komisji Europejskiej, eurokomisarza odpowiedzialnego za sprawy energetyczne, Marosza Szefczovicza (którego nazwisko wymieniane było pod koniec maja w kontekście wspólnej kandydatury państw Grupy Wyszehradzkiej na jedno z wysokich stanowisk w UE). W decydującej turze, 30 marca, Czaputova otrzymała ponad 58 proc. głosów, podczas gdy Szefczovicz - niespełna 42 proc. "Oferuję Wam swój rozum, serce i ręce" - mówiła w sobotę w przemówieniu inauguracyjnym. Jej zdaniem Słowacja musi pokonać różnice, które dzielą społeczeństwo. "Możemy wyrażać nasze stanowisko wobec różnorodności, innej tradycji, innych doświadczeń i innych poglądów nie naruszając wolności i ani godności innych osób" - przekonywała. Nowa prezydent Słowacji przed rokiem się rozwiodła, ma dwie córki. Jej partnerem życiowym jest 52-letni muzyk, poeta, autor tekstów i fotograf Peter Konieczny. Na dwa tygodnie przed inauguracją Czaputova przyznała, że ich związek przeżywa trudności. Konieczny był obecny podczas sobotnich uroczystości, chociaż nie przy stał u jej boku w trakcie najbardziej podniosłych chwili ceremoniału.