Większość życia Jerzy Kluger mieszkał w Rzymie; w ostatnim czasie ciężko chorował. Zajmował niezwykle ważne miejsce w życiu Karola Wojtyły i historycznych wydarzeniach jego pontyfikatu. Ich przyjaźń i ponowne spotkanie po latach były, jak się podkreśla, prawdziwą kuźnią dialogu katolicko-żydowskiego. O przyjaźni, nawiązanej w szkole podstawowej w Wadowicach na przełomie lat 20. i 30. ub.w., polski papież opowiedział w wydanym w 1994 roku wywiadzie-rzece "Przekroczyć próg nadziei". Przyznał, że to wzajemne poznanie obu światów - katolickiego i żydowskiego - było także jego osobistym doświadczeniem w najwcześniejszych latach życia. "Pamiętam naprzód szkołę podstawową w Wadowicach, gdzie w klasie co najmniej 1/4 uczniów stanowili chłopcy żydowscy. Trzeba by tutaj wspomnieć o mojej koleżeńskiej przyjaźni z jednym z nich, to znaczy z Jerzym Klugerem. Trwa ona od ławy szkolnej do dnia dzisiejszego" - wspominał Jan Paweł II. "Mam żywo przed oczyma obraz Żydów podążających w dzień sobotni do synagogi, która znajdowała się na zapleczu naszego gimnazjum" - przypominał. O wydarzeniu, mającym ogromny symboliczny ładunek, opowiedział sam Kluger. Chcąc jak najszybciej podzielić się z przyjacielem wiadomością, że zostali przyjęci do gimnazjum, pobiegł do kościoła, gdzie Karol służył do mszy. Według relacji Klugera jedna z kobiet wyraziła zdumienie na jego widok i powiedziała: "Ależ ty jesteś synem prezesa gminy żydowskiej!". A gdy Jerzy tłumaczył się przed kolegą, że jako Żyd rzeczywiście nie powinien wbiegać do kościoła, Karol zareagował następująco: "Dlaczego? Czy nie jesteśmy wszyscy dziećmi jednego Boga?". Gdy w kwietniu 1986 roku Jan Paweł II jako pierwszy papież w dziejach odwiedził rzymską synagogę, wyznał, że dla niego nie była to pierwsza wizyta w żydowskiej świątyni. Opowiedział, że w 1936 roku w Wadowicach ojciec Jerzego, Wilhelm Kluger, zaprosił do synagogi na koncert pieśni religijnych kilku przyjaciół, a wśród nich i jego jako kolegę syna. Jurek usiadł przy przyjacielu, by tłumaczyć mu teksty pieśni. Wojna rozdzieliła obu przyjaciół na ponad ćwierć wieku. Karol Wojtyła był w Krakowie, a jego żydowski kolega uciekł z ojcem przez Kraków na wschód; trafili do Lwowa. Po pięciu miesiącach pobytu w tym mieście, w czerwcu 1940 roku do ich mieszkania wpadli sowieccy żołnierze. Jeszcze tej samej nocy obaj zostali załadowani do pociągu i po 17 dniach podróży dotarli do łagru. Pracowali tam przy wyrębie tajgi, a po układzie Sikorski-Majski Jerzy Kluger dostał się do armii Andersa. Jerzy Kluger został skierowany do Uzbekistanu. Kolejny etap jego wojennej wędrówki to Egipt i Irak, wreszcie Włochy i bitwa o Monte Cassino, gdzie walczył jako plutonowy podchorąży. Po walkach w Italii, gdzie dowiedział się również o śmierci wielu swych najbliższych, Kluger pozostał w tym kraju po wojnie. Podjął studia na politechnice w Turynie. Następnie, już ze swą rodziną, w 1954 roku na stałe osiadł w Rzymie. Ze swym żydowskim przyjacielem Kurtem Rosenbergiem z Bielska założył firmę. W listopadzie 1965 roku, gdy obaj siedzieli w rzymskim biurze, Rosenberg przeczytał Klugerowi notatkę z gazety, w której mowa była o uczestniczącym w Soborze Watykańskim II arcybiskupie Krakowa Karolu Wojtyle. Wtedy Kluger przyznał, że od wyjazdu z Polski nie miał żadnych wiadomości o swym przyjacielu. Zadzwonił do kościelnego Instytutu Polskiego w Wiecznym Mieście, gdzie zatrzymał się Wojtyła. Spotkali się jeszcze tego samego wieczora, w siedzibie Instytutu. Gdy Kluger zwrócił się do arcybiskupa "Ekscelencjo", usłyszał: "Mów do mnie Lolek, jak zawsze". Potem spotykali się już regularnie; od 1978 roku w Watykanie: papież Polak i jego żydowski przyjaciel ze szkoły, który nigdy po wojnie nie chciał pojechać do Polski. Rozmawiali do późna przy kolacjach, wspominali lata szkolne. Jan Paweł II w "Przekroczyć próg nadziei" opowiedział, że kolejnym wydarzeniem, które jeszcze bardziej zespoliło ich przyjaźń i powiązało ich losy, były uroczystości w Wadowicach w roku 1987, w miejscu, gdzie stała spalona przez Niemców synagoga. Papież wspominał: "Oto przyszedł kiedyś do mnie Jerzy, by mi powiedzieć, iż miejsce, na którym stała, ma zostać uczczone płytą pamiątkową. Muszę powiedzieć, że w tym momencie udzieliło się nam obu głębokie wzruszenie. Stanęły nam przed oczyma sylwetki osób znajomych i bliskich oraz te soboty dziecięcych i młodzieńczych lat, kiedy społeczność żydowska Wadowic udawała się na modlitwę. Powiedziałem wówczas Jerzemu, iż chętnie napiszę na tę okazję moje osobiste słowo, znak solidarności i duchowej łączności z tym znaczącym wydarzeniem. I tak się stało. Osobą, która przekazała treść tego listu moim rodakom z Wadowic, był właśnie Jerzy. Wiele go ten wyjazd kosztował. Trzeba bowiem zaznaczyć, iż cała jego rodzina, która pozostała w Wadowicach, zginęła w Oświęcimiu, a przyjazd do Wadowic na odsłonięcie płyty pamiątkowej wadowickiej synagogi był pierwszym po pięćdziesięciu latach". Swe przesłanie, które zawiózł Jerzy Kluger, Jan Paweł II zatytułował: "List do przyjaciela Żyda". Gdy kilka lat później ambasador Izraela przy Stolicy Apostolskiej poinformował papieża, że jego imieniem nazwano gaj niedaleko Nazaretu, Jan Paweł II powiedział, że musi zatem pojechać i ten gaj zobaczyć. O towarzyszenie w tej podróży, do której doszło w marcu 2000 roku, poprosił Jerzego Klugera. Żydowski przyjaciel był z papieżem między innymi w Instytucie Yad Vashem w Jerozolimie. W 2003 roku przyjaciel Jana Pawła II, który - jak się podkreśla - przyczynił się też m.in. do nawiązania stosunków dyplomatycznych między Watykanem a Izraelem, otrzymał tytuł "Człowieka Pojednania", przyznawany przez Polską Radę Chrześcijan i Żydów. Przypominano wtedy, że przez lata brał on udział w wielu papieskich inicjatywach na rzecz pojednania chrześcijańsko-żydowskiego i że miał pośrednio wielki wpływ na kształtowanie się poglądów papieża, a przez to także na nauczanie Kościoła na temat relacji między judaizmem i chrześcijaństwem. Ostatni raz Jerzy Kluger widział się z Janem Pawłem II na kilka dni przed jego śmiercią w 2005 roku.