Ksiądz Puglisi został zastrzelony przez płatnych zabójców cosa nostra w dniu swych 56. urodzin, 15 września 1993 roku przed swoim domem w Palermo. Był proboszczem w dzielnicy miasta Brancaccio, kontrolowanej przez mafijną rodzinę Graviano i to ona, jak wykazało śledztwo, nakazała zabić księdza. Pięciu zabójców z komanda śmierci cosa nostra otrzymało wyroki dożywocia.Jako duszpasterz otwarcie sprzeciwiał się mafii i koncentrował się na wychowaniu młodzieży w duchu praworządności, chcąc uchronić ją przed wpływami przestępczości zorganizowanej. Uważany za bohatera narodowego duchowny wskazywany jest jako wzór oporu wobec mafii i odwagi. Przypomina się, że ksiądz Puglisi prowadził swą działalność, wiedząc o grożącym mu niebezpieczeństwie. Mszy beatyfikacyjnej przewodniczył arcybiskup Palermo kardynał Paolo Romeo, który mówił w kazaniu o tym, że ksiądz Puglisi nie dał się zastraszyć mimo, że otrzymywał pogróżki. "Mafiosi, którzy często mówią o sobie, że są wierzący i w taki sposób siebie przedstawiają, wprawiają w ruch mechanizmy nadużyć i niesprawiedliwości, niechęci, nienawiści, przemocy i śmierci" - powiedział kardynał Romeo. "Zbrodnicza działalność mafiosów ukazuje jej prawdziwą istotę. Oni odrzucają Boga życia i miłości" - dodał. "Błogosławiony Puglisi służył i kochał jak ojciec. W Brancaccio spotykał dzieci i młodzież codziennie narażoną na kontakt z fałszywym, nędznym ojcostwem mafii z dzielnicy, która kradła godność i dawała śmierć w zamian z ochronę i wsparcie" - podkreślił kardynał Romeo wśród owacji wiernych. Przypomniał, że ksiądz Puglisi głosił wzór Boga Ojca na znak sprzeciwu wobec władzy "ojca chrzestnego" cosa nostra. W beatyfikacji księdza Puglisi uczestniczyli między innymi przewodniczący Senatu Włoch Pietro Grasso, do niedawna krajowy prokurator do walki z mafią, ministrowie: spraw wewnętrznych Angelino Alfano i sprawiedliwości Anna Maria Cancellieri. Było także wielu policjantów i przedstawicieli sądownictwa z Sycylii.