We wrześniu 1939 r. Uniwersytet Stefana Batorego w Wilnie był jedyną polską uczelnią, która podjęła działalność. Po zajęciu miasta przez wojska sowieckie, na mocy układu zawartego 10 października 1939 r. pomiędzy ZSRR a Republiką Litewską, Wileńszczyzna została inkorporowana do państwa litewskiego (Litwini wkroczyli do Wilna 28 października). Nowe władze pozwoliły działać Uniwersytetowi do połowy grudnia 1939 r. 15 grudnia ostatni rektor - Stefan Ehrenkreutz - zakończył oficjalną działalność Uniwersytetu. - Znakomita większość ocalałej kadry naukowej, administracja i studenci repatriowani zostali do Torunia, gdzie w 1945 r. powstawał nowy uniwersytet. Do Torunia przyjechali m.in. rektor Władysław Dziewulski oraz Tadeusz Czeżowski, Jan Prueffer, Henryk Elzenberg, Janina Hurynowicz, Tymon Niesiołowski, Jerzy Hoppen, Konrad Górski, Wilhelmina Iwanowska, Stefan Srebrny i wielu innych, w tym bibliotekarze, a nawet woźni - przypomniał rektor UMK, prof. Andrzej Radzimiński. - Pierwszym rektorem UMK został twórca USB - prof. Ludwik Kolankowski. Uniwersytet Mikołaja Kopernika z dumą podkreśla ciągłość tradycji z wileńską Almae Matris - podkreślił rektor. Polski Uniwersytet w Wilnie został powołany do życia 28 sierpnia 1919 r. dekretem Józefa Piłsudskiego jako Uniwersytet Stefana Batorego (Universitas Batoreana Vilnensis). Otwarcie uczelni nastąpiło 11 października 1919 r., a pierwszym rektorem mianowano prof. Michała Siedleckiego. W początkach lipca 1920 r., tuż przed zajęciem Wilna przez bolszewików, część personelu i mienia uniwersyteckiego ewakuowano do Warszawy i Poznania, a pozostały majątek ruchomy i nieruchomy pozostawiono pod opieką Ludwika Abramowicza. Po bitwie warszawskiej i klęsce armii czerwonej nad Niemnem oraz przejęciu Wilna przez wojska polskie 9 października 1920 r., powrócono do organizowania i odbudowy uniwersytetu. Drugi rok działalności zaczął się z opóźnieniem, w listopadzie i grudniu prowadzono zapisy na studia; zajęcia wznowiono w połowie stycznia 1921 r. Normalny tok pracy Uniwersytetu rozpoczął się dopiero od roku 1921/1922. Uczelnia miała początkowo sześć wydziałów: humanistyczny, teologiczny, prawa i nauk społecznych, sztuk pięknych, matematyczno-przyrodniczy (uzupełniony w 1922 r. o studia rolnicze) i lekarski z oddziałem farmaceutycznym. W roku 1937 studium rolnicze zostało przekształcone w Wydział Rolniczy (działał od kwietnia 1938). Liczba studentów w roku akademickim 1919/20 wynosiła zaledwie 547, w roku 1939 było ich 3110. Kadrę stanowili profesorowie pochodzący z całej Polski, wykształceni na europejskich i polskich uniwersytetach. W roku 1919 otwarta została Biblioteka Uniwersytecka pełniąca przez wszystkie lata funkcję biblioteki publicznej miasta Wilna. W początkach 1930 roku, w oparciu o kadrę Wydziału Prawa i Nauk Społecznych Uniwersytetu, powstał Instytut Naukowo-Badawczy Europy Wschodniej. Był największą placówką polską zajmującą się problematyką sowietologiczną, a pod jej patronatem działała prywatna Szkoła Nauk Politycznych o profilu ściśle sowietologicznym i wschodnioznawczym. W latach kolejnych Uniwersytet wzbogacił się o Ogród Botaniczny (1921), Muzeum Etnograficzne (1925), Muzeum Przyrodnicze (1931) oraz Obserwatorium Astronomiczne (1936). Po roku 1936 podjęto starania o utworzenie Muzeum Pamiątek po Marszałku Józefie Piłsudskim. Uczelnia posiadała też kliniki w szpitalach miejskich i wojskowym na Antokolu oraz folwark Zakręt, na którym realizowano praktykę studiów rolniczych. Prócz Polaków studiowali w Wilnie Żydzi, Rosjanie, Białorusini, Litwini, Niemcy i studenci innych nacji, którzy w roku 1939 stanowili prawie 30 proc. ogólnej liczby. W końcu lat 30. działało na uczelni 70 stowarzyszeń akademickich. Najwybitniejszym absolwentem Uniwersytetu był Czesław Miłosz, poeta, pisarz, wykładowca akademicki, laureat literackiej Nagrody Nobla (1980). Absolwentami byli także: Stanisław Cat-Mackiewicz (pisarz i publicysta), Wiktor Trościanko (pisarz, dziennikarz RWE), Paweł Jasienica (pisarz), Stanisław Swianiewicz (ekonomista), Juliusz Bardach (historyk prawa), Henryk Łowmiański (historyk), Józef Marcinkiewicz (matematyk), Wilhelmina Iwanowska (astronom), Leonid Żytkowicz (historyk), Antoni Basiński (chemik), Wiktor Sukiennicki (prawnik, ekonomista), Teodor Bujnicki (poeta), Maria Znamierowska-Pruefferowa (etnolog). Wystawę, na którą składają się dokumenty, pamiątki i prace plastyczne ze zbiorów UMK i kolekcji prywatnych można zwiedzać do połowy listopada w Muzeum Uniwersyteckim w Collegium Maximum.