Tym samym trybunał podtrzymał poprzedni wyrok w tej sprawie. Wyrok Wielkiej Izby trybunału oznacza, że nie może on ocenić decyzji rosyjskiej Głównej Prokuratury Wojskowej, która w latach 1990-2004 prowadziła śledztwo ws. zbrodni katyńskiej. Nie może, ponieważ władze Rosji przyjęły Europejską Konwencję Praw Człowieka w 1998 r., a więc osiem lat po rozpoczęciu przez prokuraturę postępowania wyjaśniającego zbrodnię katyńską. Na nieprawidłowości w tym śledztwie wskazywały skarżące Rosję rodziny katyńskie. Trybunał podzielił argumentację rządu Rosji, który ponadto twierdził, że trybunał nie ma uprawnień do oceny śledztwa, ponieważ dotyczyło ono wydarzeń z 1940 r., czyli z czasu, gdy nie tylko nie było strasburskiego trybunału, ale również konwencji praw człowieka (weszła ona w życie w 1953 r.) Polscy prawnicy, wspierani przez polski rząd, argumentowali, że chociaż zbrodnię katyńską popełniono na długo przed 1998 r. to znacząca część postępowań prawnych, których skuteczność kwestionują skarżący, miała miejsce już po przyjęciu przez Rosję konwencji. Ponadto potrzebę przeprowadzenia przez Rosję rzetelnego śledztwa ws. Katynia prawnicy uzasadniali tym, że zbrodnia katyńska była wyjątkową, masową zbrodnią prawa międzynarodowego, która nie ulega przedawnieniu. Rosyjski wymiar sprawiedliwości nie dopuścił się nieludzkiego i poniżającego traktowania Europejski Trybunał Praw Człowieka w Strasburgu orzekł też, że rosyjski wymiar sprawiedliwości nie dopuścił się nieludzkiego i poniżającego traktowania krewnych ofiar zbrodni katyńskiej. Wyrok trybunału, który w tej sprawie dotyczy naruszenia przez Rosję art. 3 konwencji, jest ostateczny. Art. 3 głosi, że "nikt nie może być poddany torturom ani nieludzkiemu lub poniżającemu traktowaniu albo karaniu". W poprzednim orzeczeniu z 16 kwietnia 2012 r., od którego odwołali się skarżący, trybunał stwierdził, że do "nieludzkiego i poniżającego traktowania" ze strony rosyjskiego wymiaru sprawiedliwości doszło wobec dziesięciu z 15 krewnych ofiar NKWD z 1940 r., którzy oskarżyli władze Rosji o naruszenie konwencji praw człowieka. Krewni ofiar NKWD skarżyli się przed trybunałem na postępowanie rosyjskich sądów, które uznawały, że nie można stwierdzić, że polscy jeńcy zostali zamordowani, a nawet poddani represjom ze strony sowieckiego państwa. Krewni, którzy przez długie powojenne lata nie mogli otwarcie mówić o prawdziwym losie swoich najbliższych, dowiadywali się zatem od rosyjskich władz, że w ogóle nie doszło do zbrodni katyńskiej. Ich zdaniem, negowanie zbrodni katyńskiej można porównać do negowania Holokaustu. Rosyjskie władze odmówiły także skarżącym prawnej rehabilitacji ofiar Katynia Skarżący zwrócili uwagę trybunału np. na słowa jednego z rosyjskich prokuratorów wojskowych, który wprost usprawiedliwiał zbrodniczą decyzję Stalina i jego politbiura z 1940 r. W ocenie rosyjskiego śledczego, nawet jeśli "hipotetycznie przyjąć", że polscy jeńcy "mogli zostać zabici" na polecenie władz, było to uzasadnione, bo część polskich oficerów to byli "szpiedzy, terroryści i sabotażyści", a przedwojenna polska armia "była szkolona do walki ze Związkiem Sowieckim". Rosyjskie władze odmówiły także skarżącym prawnej rehabilitacji ofiar Katynia. Po rehabilitacji krewni ofiar mogliby mieć dostęp do dokumentów dotyczących ich bliskich, znajdujących się np. w nadal utajnionych 35 ze 183 tomów akt rosyjskiego śledztwa w sprawie zbrodni katyńskiej. Prawna rehabilitacja oznacza uznanie także przez samych Rosjan, że zamordowani przez NKWD wiosną 1940 r. polscy obywatele nie są przestępcami.