Pawluczenkow był sądzony w trybie specjalnym, gdyż przyznał się do winy i zawarł układ z Prokuraturą Generalną Federacji Rosyjskiej, w ramach którego zobowiązał się do współpracy podczas śledztwa. W zamian uzyskał obietnicę złagodzenia wyroku. Groziło mu do 20 lat łagru. Zastosowanie trybu specjalnego oznacza, że w toku postępowania sądowego nie badano dowodów, ani też nie wysłuchiwano świadków. Proces trwał od środy. Sędzia Aleksandr Zamaszniuk odrzucił wtedy wniosek Anny Stawickiej, adwokatki rodziny Politkowskiej, o unieważnienie układu oskarżonego z prokuraturą. Stawicka argumentowała, że Pawluczenkow nie wywiązał się z umowy, gdyż nie wskazał zleceniodawcy morderstwa i pomniejszał swoją rolę w tej zbrodni. - Obowiązkowo zaskarżymy ten wyrok. Gotowi jesteśmy zaakceptować tylko maksymalną karę dla Pawluczenkowa - oświadczyła w piątek Stawicka. Politkowska, wybitna dziennikarka, obrończyni praw człowieka i autorka książek o współczesnej Rosji, w tym o wojnie w Czeczenii i autorytarnej polityce prezydenta Władimira Putina, została zastrzelona 7 października 2006 roku na klatce schodowej swojego moskiewskiego domu, gdy czekała na windę. O zorganizowanie morderstwa dziennikarki Komitet Śledczy FR oskarżył pochodzącego z Czeczenii Łom-Alego Gajtukajewa, który w tym celu stworzył grupę przestępczą. W jej skład weszli również pochodzący z Czeczenii bracia Machmudowowie - Rustam, Dżabrail i Ibrahim - a także byli oficerowie milicji Siergiej Chadżikurbanow i Pawluczenkow. Ścigany listem gończym Za bezpośredniego zabójcę Politkowskiej Komitet Śledczy FR uznał Rustama Machmudowa, który został aresztowany w maju 2011 roku w rejonie Aczchoj-Martan na południowy zachód od Groznego, stolicy Czeczenii. Od 1998 roku był on ścigany federalnym listem gończym w związku z innymi przestępstwami. Według Komitetu Śledczego FR bracia Dżabrail i Ibrahim pomogli mu dotrzeć do dziennikarki, a Chadżikurbanow zapewnił mu wsparcie techniczne. Natomiast podpułkownik Pawluczenkow ze swoimi podwładnymi śledził Politkowską, wskazał miejsce jej zamieszkania, a także dostarczył zabójcy broń. Komitet Śledczy FR nie ustalił zleceniodawcy morderstwa. Jego rzecznik Władimir Markin oświadczył w środę, że zbrodnia ta miała zaszkodzić władzom Rosji, o czym - jak zauważył - świadczy jej data (dzień urodzin Putina). Gajtukajew, bracia Machmudowowie i Chadżikurbanow będą sądzeni oddzielnie. W październiku Komitet Śledczy FR zakończył śledztwo przeciwko nim. Wcześniej z morderstwem dziennikarki "Nowej Gaziety" wiązany był również oficer Federalnej Służby Bezpieczeństwa (FSB) Paweł Riaguzow. Dżabrail i Ibrahim Machmudowowie oraz Chadżikurbanow i Riaguzow byli już sądzeni za zabicie Politkowskiej. W lutym 2009 roku Moskiewski Okręgowy Sąd Wojskowy, kierując się werdyktem ławy przysięgłych, uniewinnił całą czwórkę. W czerwcu 2009 roku Sąd Najwyższy FR uchylił ten wyrok i skierował sprawę do ponownego rozpatrzenia. We wrześniu tego samego roku Sąd Najwyższy FR nakazał przeprowadzenie nowego śledztwa w sprawie zabójstwa dziennikarki. W przededniu procesu Pawluczenkowa szefowie Politkowskiej z "Nowej Gaziety" Dmitrij Muratow i Siergiej Sokołow oświadczyli, że śledztwo nie zostało doprowadzone do końca, gdyż ktoś osłania zleceniodawcę mordu.