Desalegn zrezygnował też z przewodzenia koalicji rządzącej EPRDF, oznajmił jednak, że zamierza pozostać na stanowisku do momentu, aż proces przekazania władzy zostanie przeprowadzony do końca, tzn. aż sojusz partii rządzących Etiopski Ludowy Front Rewolucyjno-Demokratyczny (EPRDF) i parlament nominują jego następcę. Za rządów Desalegna doszło w dwóch najludniejszych stanach Etiopii - Oromia i Amhara - do protestów społecznych na ogromną skalę, w wyniku których zginęły setki ludzi, a dziesiątki tysięcy zostały aresztowane. Zamieszki rozpoczęły się w 2015 r. od protestów przeciw wywłaszczeniom związanym z planowanym przez władze rozwojem stolicy kraju, Addis Abeby. Protesty przerodziły się z czasem w antyrządowe demonstracje przeciw łamaniu praw człowieka i wolności politycznych oraz wywłaszczeniom. Aby załagodzić sytuację, w styczniu premier ogłosił amnestię dla więźniów politycznych, po czym rząd doprowadził do uwolnienia ponad 6 tys. zatrzymanych, m.in. opozycjonistów i krytycznych wobec władzy dziennikarzy. Desalegn sprawował funkcję premiera od 2012 roku.