Zdaniem tej międzynarodowej organizacji, postępowanie prokuratorskie nie jest prowadzone w sposób przejrzysty, a wiele spraw jest ukrywanych za tajemnicą państwową. Amnesty International oczekuje również wyjaśnień od Prokuratora Generalnego, który zdecydował o zmianie prokuratora prowadzącego postępowanie. Julia Hall, ekspert Amnesty International do spraw walki z terroryzmem uważa, że oznacza to spowolnienie postępowania i opóźnienie jego zakończenia. Wątek polski w sprawie więzień CIA wskazali dwaj więźniowie Guantanamo: Abu Zubaydah oraz Abd al-Nasri. Obydwaj byli przetrzymywani przez CIA przez około 4 lat. Według ich zeznań, podczas przesłuchań byli bici i podtapiani w wodzie. Obydwaj utrzymują, że w latach 2002 i 2003 byli przetrzymywani w Polsce. Amnesty International uważa, że postępowanie prokuratorskie w tej sprawie odbiega od standardów międzynarodowych. Oczekuje, że polski rząd ujawni, jakie działania podjęto, by temu zapobiec.