Według dziennika, który opiera się na relacjach anonimowych i byłych przedstawicieli administracji, CIA "znowu przetrzymuje więźniów w tzw. czarnych miejscach, czyli prowadzonych przez siebie tajnych więzieniach za granicą". Zdaniem organizacji obrony praw człowieka, tortury miałyby być stosowane w tych właśnie więzieniach. Organizacje te twierdzą, że niektóre z tych więzień znajdowały się na terenie Polski i Rumunii. Oba państwa temu zaprzeczają. Opisywany przez "New York Timesa" tajny dokument sankcjonował takie m.in. metody przesłuchań jak bicie po twarzy, przetrzymywanie więźniów nago w zimnych celach, pozbawianie ich snu przez kilka nocy z rzędu oraz symulowanie topienia przez przywiązywanie więźniów do deski i zanurzanie ich głową w wodzie. Dokument wydano po publicznych deklaracjach, że administracja prezydenta George'a W. Busha nie stosuje tortur. Z rozmaitych relacji wynika, że sprzeciwiali się im także niektórzy wyżsi urzędnicy Ministerstwa Sprawiedliwości, z których część odeszła nawet z resortu, protestując przeciw naciskom w tych sprawach z Białego Domu i z biura wiceprezydenta Dicka Cheneya. Gonzales, który poprzednio był radcą prawnym Busha, jako nowy minister zaakceptował w 2005 r. tajny dokument na temat metod przesłuchań, mimo zastrzeżeń swego zastępcy Jamesa B. Comeya. Ten ostatni miał powiedzieć, że wszyscy "będą się wstydzić", kiedy świat się o nim dowie. Jesienią 2005 r. Kongres uchwalił ustawę zakazującą "okrutnego, nieludzkiego i poniżającego" traktowania więźniów. Ministerstwo Sprawiedliwości wydało wtedy drugą tajną opinię prawną, według której metody przesłuchań stosowane przez CIA nie naruszają tego standardu. Administracja Busha argumentuje, że twarde metody przesłuchań są konieczne w niektórych ekstremalnych sytuacjach - kiedy na przykład wiadomo, że aresztowany więzień ma kluczowe informacje o przygotowywanym zamachu i wydobycie ich z niego może pokrzyżować plany terrorystów, a tym samym uratować życie wielu ludzi. Wielu byłych funkcjonariuszy wywiadu, wojskowych, a także psychologów zwraca jednak uwagę, że skuteczniejsze bywają łagodniejsze metody, podczas gdy tortury sprawiają często, że przesłuchiwany kłamie, aby powiedzieć cokolwiek, co skróci jego cierpienia. Rząd USA w przeszłości nigdy nie sankcjonował prawnie metod przesłuchań zalegalizowanych wspomnianymi tajnymi dokumentami. Według źródeł "NYT", po atakach na USA z 11 września 2001 roku CIA, nie mając większego doświadczenia w przesłuchiwaniu terrorystów, konsultowała się z ekspertami w tej dziedzinie z takich krajów jak Egipt i Arabia Saudyjska. Biały Dom zdementował w czwartek rewelacje gazety. "Polityka Stanów Zjednoczonych jest taka, że nie stosujemy tortur" - powiedziała rzeczniczka prezydenta Dana Perino. Zapytana, czy rząd sankcjonuje takie praktyki jak bicie czy symulacja topienia, odmówiła jednoznacznej odpowiedzi. Oświadczyła jedynie, że o ile opinie Ministerstwa Sprawiedliwości z 2004 r. potępiające tortury przedstawiały "szeroką i ogólną" interpretację prawa w tym zakresie, to opinie z 2005 r. "skupiały się na konkretach". Gonzales podał się w sierpniu do dymisji, powszechnie oskarżany o upolitycznienie resortu sprawiedliwości.