Emitowane przez sonary fale dźwiękowe szkodzą wielorybom, delfinom i innym morskim ssakom. Według obrońców środowiska intensywne fale dźwiękowe emitowane przez sonary zakłócają system nawigacyjny i komunikacji wielorybów między sobą. Zakłócenia powodowane przez sonary są śmiertelnie niebezpieczne dla 37 gatunków morskich ssaków, m.in. lwów morskich i zagrożonych wyginięciem waleni błękitnych. W rejonach, w których marynarka USA używała sonaru, niejednokrotnie dochodziło do masowego wpływania różnych gatunków waleni na mielizny i plaże. Zdaniem prezesa Sądu Najwyższego Johna Robertsa ogólny interes społeczeństwa przemawia jednak na rzecz marynarki, która musi przeprowadzać realne ćwiczenia z użyciem sonarów, by móc reagować na zagrożenie ze strony nieprzyjacielskich okrętów podwodnych; tym samym interes środowiska musi mu ustąpić pierwszeństwa. Sąd Najwyższy zniósł restrykcje wywalczone przez ekologów, mówiące, że nie wolno użyć sonaru, jeśli w odległości do 2 km widziano morskie ssaki, i w niektórych sytuacjach zmuszające wojsko do zmniejszenia podwodnej emisji decybeli. Wcześniej sąd apelacyjny odrzucił starania Białego Domu, by wyłączyć marynarkę z ograniczeń w stosowaniu sonarów. Administracja George'a W. Busha argumentowała, że w ciągu 40 lat ćwiczeń u południowych wybrzeży Kalifornii nie było ani jednego udokumentowanego przypadku szkód spowodowanych przez sonar u morskich ssaków. W sprzeciwie wobec decyzji Sądu Najwyższego jego sędzia Ruth Bader Ginsburg napisała o zasadniczych i nie dających się naprawić uszkodzeniach, jakie powodują emitowane przez sonary fale i częstotliwości. Wywołują one u ssaków morskich krwotoki w mózgu i okolicach uszu i powodują masowe ugrzęźnięcie zwierząt na płyciznach i brzegach. Jej zdaniem ćwiczenia marynarki służą ważnym interesom, ale nie upoważniają do pogwałcenia praw ochrony środowiska.