W grudniu 2017 r. Flynnowi zostały przedstawione zarzuty. Flynn zdecydował się współpracować z prokuratorem specjalnym Robertem Muellerem. Flynn potwierdził, że składał fałszywe zeznania sprawie powiązań sztabu wyborczego Trumpa z Kremlem. Miał się też oddać do dyspozycji FBI. Specjalny prokurator Robert Mueller bada ingerencję Rosji w wybory w USA, prowadzi też dochodzenie w sprawie utrudniania działania wymiaru sprawiedliwości przez prezydenta Trumpa i jego ludzi. Michael Flynn został zdymisjonowany w lutym br., gdy okazało się, że zataił przed wiceprezydentem Mike'iem Pence'em szczegóły swoich rozmów z ambasadorem Rosji w USA. Na początku marca Flynn zabiegał w rozmowach z komisjami Kongresu prowadzącymi równoległe dochodzenia w sprawie ingerencji Rosjan w wybory o immunitet w zamian za udział w przesłuchaniu na temat możliwych powiązań między Rosją a sztabem wyborczym Trumpa. Adwokat Flynna, Robert Kelner poinformował wówczas, że jego klient "zdecydowanie ma co opowiadać i bardzo chce się tym podzielić, jeśli okoliczności będą sprzyjające". Po jego dymisji media ujawniły, że w 2015 roku Flynn otrzymał od powiązanych z Rosją przedsiębiorstw ok. 70 tys. dolarów oraz że w okresie kampanii wyborczej Trumpa był on także płatnym lobbystą rządu Turcji. Powiązania Flynna z Rosją bada FBI, są one także przedmiotem dochodzenia komisji wywiadu w Senacie i Izbie Reprezentantów.