Już w 1979 roku jego żona Bonnie nabrała na ten temat podejrzeń. Hanssen wyjaśnił jej jednak, że podjął współpracę z Rosjanami, by ich oszukać. Obiecał, że to się nie powtórzy a pieniądze, które od nich otrzymał przekaże na cele charytatywne. Wtedy także zwierzył się ze swej działalności katolickiemu księdzu, który miał go początkowo nakłaniać, by się do wszystkiego oficjalnie przyznał. Podczas przesłuchań przez FBI Bonnie Hanssen oświadczyła, że nie miała pojęcia, iż po tym incydencie mąż wrócił do działalności na rzecz Rosjan. FBI nie zamierza przesłuchiwać wspomnianego księdza, który jest zobowiązany zachować tajemnicę. Przyznał tylko, że znał Hanssena w 1980 roku. Na razie nie ma potwierdzenia, że szpieg rzeczywiście wpłacił jakieś pieniądze na wspomniany fundusz charytatywny. Ostatnio poinformowano też, że Hanssen zastanawia się nad ugodą z wymiarem sprawiedliwości - w zamian za pełne zeznania mógłby wtedy uniknąć kary śmierci.