Za nominacją Brennana na szefa Centralnej Agencji Wywiadowczej głosowało 63 senatorów, 34 było przeciw. 57-letni Brennan, dotychczasowy doradca Obamy ds. terroryzmu, doskonale zna CIA. Przez 25 lat był jej pracownikiem a za czasów prezydenta George'a W. Busha jej wicedyrektorem. Głosowanie w sprawie nominacji Brennana było odkładane od dwóch miesięcy. Najpierw ze względu na spór z Białym Domem w sprawie dostępu członków senackiej komisji wywiadu do tajnych notatek Departamentu Sprawiedliwości dotyczących programu tropienia i zabijania terrorystów (tzw. targeted killings) z wykorzystaniem samolotów bezzałogowych (tzw. dronów). We wtorek przewodnicząca komisji ds. wywiadu Dianne Feinstein poinformowała, że Biały Dom zapewnił o dostępie kongresmenów do wszystkich tajnych notatek w tej sprawie. Ale w środę pojawiła się kolejna przeszkoda. Jeden z Republikanów, senator Randy Paul zastosował stary wybieg proceduralny polegający na przedłużaniu w nieskończoność wystąpień (obstrukcja parlamentarna, ang. filibuster). Wspomagany przez kolegów partyjnych przemawiał przez ponad 12 godzin, blokując głosowanie ws. Brennana. Żądał wyjaśnień od Białego Domu w sprawie użycia dronów w USA. Ustąpił, po otrzymaniu zapewnień z Białego Domu, że prezydent USA nie ma władzy, by wykorzystać uzbrojonego drona do zabicia Amerykanina niezaangażowanego w walkę na terenie USA. Kandydatura Brennana na szefa CIA wzbudzała od początku ogromne kontrowersje, gdyż ocenia się, że to on jako dotychczasowy doradca Baracka Obamy ds. walki z terroryzmem odpowiada za rosnące zastosowanie bezzałogowych samolotów do tropienia i zabijania terrorystów w Pakistanie, Jemenie czy Somalii, czyli w krajach, z którymi USA nie prowadzą wojny. To Brennan miał też nadzorować przygotowywanie specjalnych list z nazwiskami terrorystów, którzy powinni być namierzeni i zabici. Program walki z terroryzmem przy użyciu dronów wzbudza moralne i prawne wątpliwości wielu ekspertów. Jest jednak głownie krytykowany za brak przejrzystości; prasa określała go mianem "tajnej wojny". Dopiero w dniu przesłuchania Brennana w komisji ds. wywiadu na początku lutego, po licznych apelach senatorów, administracja Obamy udostępniła im dostęp do 2 z 11 tajnych notatek Departamentu Sprawiedliwości, w tym tej zawierającej prawne uzasadnienie ataków na terrorystów, którzy są obywatelami USA. Różni eksperci szacują, że w atakach dronów zginęło między 1,9 a 3,5 tys. osób, w tym nawet 300 cywili oraz co najmniej czterech obywateli USA. Eksperci zastrzegają jednak, że są to tylko szacunki, bo administracja Obamy nie ujawniła tych informacji. Kontrowersje wciąż wywołuje też specjalny program przesłuchiwania (ang. enhanced interrogation techniques) stosowany przez CIA za prezydentury Busha po atakach 11 września 2001. Metody przesłuchań obejmowały m.in. podtapianie, zamykanie przesłuchiwanych w ciasnych pojemnikach, czy uniemożliwiane im zaśnięcia. Brennan przyznał podczas wystąpienia w senackiej komisji, że jak pracował w CIA mówiono mu, że te metody są skuteczne, ale po przeczytaniu raportu senackiej komisji ds. wywiadu w tej sprawie nie wie gdzie leży prawda. Ten kontrowersyjny, przez lata owiany tajemnicą program, został wstrzymany przez prezydenta Obamę na drugi dzień po objęciu przez niego urzędu prezydenta w 2009 roku. Jak pisze w czwartek "New Jork Times" przed Brennanem wyzwanie jak zmierzyć się z tą kontrowersyjną przeszłością agencji, zważywszy, że wiele osób wciąż pracujących w CIA było w ten program zaangażowanych. Liczący 6 tys. stron raport senackiej komisji wywiadu dotyczący programu, który wciąż nie został upubliczniony, ujawnia według "NYT", że pracownicy CIA przez lata wprowadzali w błąd w sprawie programu przesłuchań zarówno Biały Dom jak i Departament Sprawiedliwości oraz Kongres.