Jedna z tych spraw dotyczy obwodnicy Augustowa, która miała prowadzić przez obszary chronione doliny Rospudy, a druga - wyznaczenia w Polsce zbyt małej liczby obszarów chronionych w ramach unijnego programu Natura 2000. Spór o przebieg obwodnicy Augustowa toczy się od kilku lat. Przeciwko inwestycji w dolinie Rospudy protestowali ekolodzy, sprzeciwiała się jej Komisja Europejska. KE kwestionowała budowę obwodnicy w dolinie Rospudy, uznając ją za teren unikatowy, gdzie żadne kompensaty (np. nasadzenia drzew) nie naprawią wywołanych w środowisku szkód. Gdy w marcu 2007 r. Komisja pozwała Polskę do Trybunału w Luksemburgu, uznała, że inwestycja w tej dolinie byłaby złamaniem unijnego prawa. Rząd wstrzymał wówczas budowę. Pod koniec marca minister środowiska prof. Maciej Nowicki zapowiedział, że przyrodniczo cenna, unikatowa w Europie dolina Rospudy nie będzie przecięta obwodnicą Augustowa, a trasa omijająca miasto przebiegnie przez miejscowość Raczki. Minister poinformował wówczas też, że wariant przez Raczki jest tańszy od trasy przecinającej dolinę Rospudy i jedynie o 2 km dłuższy. Już wówczas Komisja Europejska zapowiedziała wycofanie skargi przeciw Polsce w sprawie inwestycji w dolinie Rospudy. Rzeczniczka KE ds. środowiska Barbara Hellferich powiedziała wtedy dziennikarzom, że Komisja musi poznać szczegóły decyzji polskiego rządu i gdy okaże się, że obwodnica ominie dolinę Rospudy nie będzie żadnych powodów, by nie wycofać wniosku z Trybunału. Druga skarga, którą KE chce wycofać, dotyczyła tzw. obszarów specjalnej ochrony ptaków, które kraje członkowskie UE mają obowiązek wyznaczyć na podstawie tzw. dyrektywy ptasiej z 1979 roku. Wchodzą one w skład Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000. Ich określenie powinno się opierać na obiektywnych, naukowych kryteriach. Skarżąc Polskę, Komisja uznała, że działania podjęte przez polski rząd były niewystarczające. Po wycofaniu tych dwóch spraw, które były w fazie postępowań, Polska będzie ich miała w Europejskim Trybunale Sprawiedliwości w Luksemburgu jeszcze dziewięć.