Rywin złożył skargi do Strasburga w 2006 i 2007 roku. Dotyczą one postępowania przed polskimi sądami w sprawie płatnej protekcji. Trybunał podał na swej stronie internetowej, że wystosował w tej sprawie pytanie do polskiego rządu - oznacza to, że zajmie się tą sprawą. Teraz polski rząd ma kilka tygodni na udzielenie odpowiedzi. Później do tych odpowiedzi ustosunkuje się Lew Rywin, wówczas Trybunał wyda wyrok. Lew Rywin skarżył się do Strasburga na warunki w więzieniu i brak dostępu do leków, brak należytej pomocy medycznej, a także - ze względu na rozgłos medialny i powołanie komisji parlamentarnej - naruszenie domniemania niewinności. Rywin skarży się na śledztwo, które prokuratura wszczęła po artykule "Ustawa za łapówkę, czyli przychodzi Rywin do Michnika". "Gazeta Wyborcza" opublikowała go pod koniec grudnia 2002 r., prokuratura oskarżyła Rywina o płatną protekcję, czyli powoływanie się przed ludźmi z Agory na wpływy w instytucjach rządowych, które miały zapewnić tej spółce korzystne zmiany w nowelizacji ustawy o rtv. W zamian Rywin miał zażądać 17,5 mln dolarów i kierowniczej funkcji w telewizji Polsat, którą Agora miałaby kupić. Sąd Okręgowy w Warszawie skazał w 2004 roku Rywina na dwa i pół roku więzienia oraz grzywnę, ale nie za płatną protekcję, tylko za usiłowanie oszustwa. Sąd Apelacyjny rozpatrując odwołania obu stron, zmienił kwalifikację czynu z usiłowania oszustwa na pomocnictwo w płatnej protekcji, ale skazanie utrzymał, obniżając tylko karę o pół roku. W 2005 Sąd Najwyższy orzekł, że kara 2 lat więzienia dla Rywina jest ostateczna. Rywin w skardze do Trybunału napisał też, że w lutym 2003 "Wprost" opublikował fotomontaż z jego głową w głębi muszli klozetowej. Grafikę tę opatrzono tytułem "Rywinoterapia" i podpisem: "Ilu ludzi władzy pociągnie za sobą Rywin?". Rywin - jak pisze do Strasburga - złożył pozew przeciw gazecie, ale został on oddalony (Adwokaci Rywina złożyli odwołanie, które w 2004 r. uwzględnił Sąd Apelacyjny. Ostatecznie w 2008 r. Sąd Apelacyjny w Warszawie nakazał byłemu redaktorowi naczelnemu "Wprost" przeprosiny Lwa Rywina i wpłatę 10 tys. zł na cel społeczny). Do Trybunału Rywin skarżył się też, że nie zapoznano go precyzyjnie z zarzutami, jakie mu postawiono, a w związku z tym w znacznym stopniu ograniczono jego prawo do obrony, a także, że wyroki uzasadniane były w sposób "sztuczny i niekompletny". W jego ocenie ze względu na warunki, w jakich toczył się proces, w tym kampanię medialną, zostało naruszone domniemanie niewinności. Zdaniem Rywina doszło tu do naruszenia Europejskiej Konwencji Praw Człowieka i Podstawowych Wolności. W 2005 roku Rywin został zwolniony z więzienia przez Sąd Apelacyjny w Warszawie ze względu na zły stan zdrowia. W więzieniu spędził 43 dni. W listopadzie 2005 r. trafił ponownie do więzienia. W listopadzie 2006 r. sąd zgodził się na przedterminowe zwolnienie go z odbywania kary.