Krajisznik został w 2006 roku skazany przez haski trybunał za zbrodnie wojenne i zbrodnie przeciwko ludzkości. W pierwszej instancji trybunał uznał jednak, że nie ma wystarczających dowodów na uznanie go za winnego ludobójstwa bośniackich Muzułmanów w czasie wojny w latach 1992-1995. - Podtrzymano główne zarzuty - deportacji, przymusowych przesiedleń i prześladowań ludności nieserbskiej w Bośni - oświadczył dziś przewodniczący izby apelacyjnej Fausto Pocar. Oskarżony został natomiast oczyszczony z dwóch innych głównych zarzutów - morderstw i eksterminacji, a także częściowo prześladowań. Mimo oczyszczenia Krajisznika z części zarzutów, nadal oskarża się go o poważne przestępstwa, które wymagają "surowego i proporcjonalnego wyroku". Krajisznik był przewodniczącym parlamentu Serbów bośniackich od października 1991 do listopada 1995 roku. Należał też do ścisłego kierownictwa skrajnie nacjonalistycznej Serbskiej Partii Demokratycznej (SDS) Radovana Karadżicia; był prawą ręką i wykonawcą polityki lidera Serbów bośniackich. Krajisznika aresztowały siły stabilizacyjne (SFOR) w jego domu w Pale, stolicy Serbów bośniackich, w kwietniu 2000 roku.