Prokuratura postawiła Seseljowi zarzuty planowania, podżegania i nakazywania prześladowań, eksterminacji, masowych mordów, tortur i wypędzenia ludności nieserbskiej, głównie chorwackiej i muzułmańskiej. Vojislav Seselj chciał stworzyć Wielką Serbię na terenie Bośni i Chorwacji. Jego proces trwa od 2006 roku. Nigdy nie przyznał się do winy i nie uznał też autorytetu haskiego trybunału. "Niczego nie możecie mi zrobić. Jestem intelektualnie i moralnie potężniejszy od was. Możecie mnie tylko zabić, a i tak mój grób będzie walczył przeciwko wam" - mówił podczas jednej z rozpraw. Vojislav Seseljbył wiele razy skazywany za obrazę sądu. Skazano go także za ujawnienie w procesie nazwisk świadków, którym gwarantowano anonimowość.