Trybunał oddalił jednocześnie część zarzutów Komisji Europejskiej przeciwko Polsce w tej sprawie.Zdaniem sędziów w Luksemburgu niezgodne z unijną dyrektywą o VAT są zapisy polskiej ustawy, zezwalające na stosowanie obniżonej stawki tego podatku m.in. na niektóre rodzaje sprzętu medycznego i pomocniczego, które nie są przeznaczone wyłącznie do osobistego użytku przez osoby niepełnosprawne czy do łagodzenia skutków niepełnosprawności. Dotyczy to również produktów do użytku farmaceutycznego, które nie służą wyłącznie do celów związanych z ochroną zdrowia, antykoncepcji i higieny osobistej. Chodzi np. o niektóre wyroby z gumy, np. kroplomierze, termofory i rozpylacze, substancje cystyna i cysteina, jeżeli nie są one udostępniane konsumentom jako gotowy produkt i nie służą ochronie zdrowia, a także soczewki okularowe i kontaktowe, jeżeli nie służą do korygowania wady wzroku. Zgodnie z przepisami unijnej dyrektywy dotyczącej VAT, państwa członkowskie mogą stosować obniżoną stawkę tego podatku na sprzęt medyczny, pomoce medyczne i inne urządzenia, ale tylko jeśli spełniają one dwa warunki: muszą być wykorzystywane do łagodzenia skutków lub leczenia niepełnosprawności oraz muszą być przeznaczone wyłącznie do użytku osobistego osób niepełnosprawnych. Jeśli chodzi o produkty lecznicze, to dyrektywa pozwala na stosowanie obniżonej stawki jedynie dla farmaceutyków wykorzystywanych w ochronie zdrowia i zapobieganiu chorobom, czy używanych przy zabiegach medycznych i weterynaryjnych. We wrześniu 2013 r. Komisja Europejska wniosła do Trybunału Sprawiedliwości UE w Luksemburgu skargę przeciwko Polsce, twierdząc, że polskie prawo wykracza poza zakres produktów dopuszczonych w dyrektywie, stosując obniżoną stawkę VAT w odniesieniu do sprzętu medycznego powszechnego użytku, np. sprzętu używanego w szpitalach, a także do niektórych nieleczniczych wyrobów farmaceutycznych, takich jak środki dezynfekujące i produkty używane w salonach spa, jak również sprzętu bezpieczeństwa przeciwpożarowego. Trybunał oddalił część zarzutów Komisji, dotyczących zakresu stosowania przez Polskę obniżonej stawki VAT - m.in. na środki odkażające, wykorzystywane w ochronie zdrowia, pasty modelarskie, wosk dentystyczny czy preparaty dentystyczne na bazie gipsu, a także produkty wykorzystywane w uzdrowiskach, jak środki do kąpieli leczniczych: sól jodobromowa, szlam i ług, środki do okładów leczniczych, w tym kostki borowinowe.