Podkreśla się, że spośród wielu gestów, które Jan Paweł II uczynił po raz pierwszy jako papież, wizyta w synagodze w Wiecznym Mieście była najważniejsza i oceniana jest wręcz niekiedy jako jego najbardziej niezwykłe dokonanie. Po raz pierwszy od czasów apostolskich następca św. Piotra wszedł do żydowskiego domu modlitwy, modlił się i przemawiał do Żydów. Pokonanie przez papieża kilometra, jaki dzieli Watykan od żydowskiej świątyni, było zdaniem komentatorów najdłuższą podróżą; trzeba było na nią czekać prawie 2 tys. lat. Przedstawiciele rzymskiej wspólnoty żydowskiej i osoby, które towarzyszyły wtedy Janowi Pawłowi II, wspominają, że był to moment ogromnych emocji i wielkiego wzruszenia. To co pamiętają do tej pory, to przede wszystkim płacz Żydów na widok polskiego papieża - świadka Holokaustu w ich progach i gorący aplauz w reakcji na przemówienie, jakie wówczas wygłosił. Czterokrotnie nazwał Żydów "braćmi", co wywołało największy entuzjazm i następne łzy wzruszenia. "Wspólnota żydowska Rzymu, z myślą zwróconą ku swej liczącej 2 tys. lat przeszłości, pragnie, by dzisiejsze historyczne wydarzenie przyniosło wszystkim ludziom pokój, równość i braterskie zrozumienie" - podkreślono w książeczce dla wiernych, przygotowanej wówczas w związku z wizytą papieża. Jana Pawła II powitał w niedzielne popołudnie przed świątynią główny rabin Rzymu Elio Toaff. Wymienili serdeczny, pełen przyjaźni uścisk. Po raz pierwszy, na prośbę rabina, spotkali się pięć lat wcześniej, przy okazji papieskiej wizyty w kościele, położonym w pobliżu terenu getta we włoskiej stolicy. Po tym uścisku, po którym - jak wspominał potem rabin Toaff - minęła jego ogromna trema i runęły wszelkie bariery, obaj weszli do świątyni, by wziąć udział w niezwykle podniosłej uroczystości wypełnionej lekturą Księgi Rodzaju oraz psalmami. W swym przemówieniu ówczesny przewodniczący gminy żydowskiej Giacomo Saban przypomniał stawiane Piusowi XII zarzuty milczenia wobec Zagłady. Rabin Toaff koncentrował się zaś na przyszłości, apelując o nawiązanie przez Stolicę Apostolską stosunków dyplomatycznych z Izraelem; nastąpiło to w 1994 roku. "Pragniemy z ufnością wkroczyć w nowy okres dziejów" - powiedział główny rabin Rzymu. Następnie głos zabrał Jan Paweł II, mówiąc między innymi: "Uwzględnienie wiekowych uwarunkowań kulturowych nie może jednak być przeszkodą w uznaniu tego, że akty dyskryminacji, niesprawiedliwego ograniczania wolności religijnej, ucisku, także w zakresie swobód obywatelskich wobec Żydów, były zjawiskami obiektywnie godnymi najwyższego ubolewania". Papież powtórzył słowa z soborowej deklaracji "Nostra Aetate": Kościół "ubolewa nad nienawiścią, prześladowaniami i wszelkimi objawami antysemityzmu, skierowanymi przeciw Żydom w każdym czasie i przez kogokolwiek". "Chciałbym raz jeszcze dać wyraz zgrozie, jaką budzi dokonana na Żydach w okresie ostatniej wojny, zadekretowana zbrodnia ludobójstwa, która przyniosła zagładę milionom niewinnych ofiar" - podkreślił Jan Paweł II. "Pragniemy, aby dzisiejsza wizyta przyczyniła się w sposób zasadniczy do utrwalenia dobrych stosunków pomiędzy naszymi wspólnotami zgodnie z przykładem wielu mężczyzn i kobiet, którzy z jednej i z drugiej strony pracowali i pracują nad przezwyciężeniem starych uprzedzeń i zbudowaniem podstaw coraz pełniejszego uznania tej więzi i tego wspólnego duchowego dziedzictwa, jakie istnieją między Żydami i chrześcijanami" - zdeklarował. Do historii przeszły najgoręcej wówczas oklaskiwane słowa polskiego papieża: "Religia żydowska nie jest dla naszej religii rzeczywistością zewnętrzną, lecz czymś wewnętrznym. Stosunek do niej jest inny aniżeli do jakiejkolwiek innej religii. Jesteście naszymi umiłowanymi braćmi i - można powiedzieć - naszymi starszymi braćmi". Podkreślił też: "Nie ma żadnych podstaw do jakiejkolwiek, rzekomo teologicznie usprawiedliwionej dyskryminacji czy - co gorsza - prześladowań Żydów". "Ponadto należy powiedzieć, że jesteśmy dopiero na początku drogi, na którą wkroczyliśmy, i że - mimo wielkich wysiłków uczynionych z jednej i drugiej strony - daleko jeszcze do usunięcia wszystkich, niekiedy zamaskowanych uprzedzeń, do znalezienia odpowiedniego języka, by zawsze i wszędzie, nam samym i innym ukazywać prawdziwe oblicze Żydów i judaizmu, jak też chrześcijan i chrześcijaństwa, i to na każdym poziomie mentalności, nauczania i przekazu" - stwierdził Jan Paweł II. Zapewnił: "Gotowi jesteśmy do pogłębienia dialogu w duchu lojalności i przyjaźni, z wzajemnym poszanowaniem naszych najgłębszych przekonań, w oparciu o te elementy Objawienia, które są dla nas wspólne jako wielkie dziedzictwo duchowe". Naturalną konsekwencją wizyty w synagodze były kolejne wielkie gesty Jana Pawła II w dziedzinie dialogu z innymi religiami.