Oskarżenia "Nowej Gaziety" pod jego adresem to element zakrojonej na szerszą skalę kampanię, która prawdopodobnie ma związek z niedawnym przeszukaniem przez policję mieszkań liderów opozycji w Moskwie - ocenił Bastrykin w wywiadzie dla dziennika "Izwiestija". Bastrykin poinformował, że zgodził się na spotkanie z redaktorem naczelnym "Nowej Gaziety" Dmitrijem Muratowem, który oskarżył go o uprowadzenie i grożenie śmiercią dziennikarzowi Siergiejowi Sokołowowi. W liście otwartym do Bastrykina na łamach "Nowej Gaziety" Muratow napisał w środę, że ochroniarze Bastrykina mieli późnym wieczorem wywieźć dziennikarza do lasu. Tam szef Komitetu Śledczego groził Sokołowowi śmiercią, wypowiadał się negatywnie o polityce informacyjnej gazety, a także w niepochlebnych słowach mówił o zamordowanej w 2006 roku dziennikarce "Nowej Gaziety" Annie Politkowskiej. Według Muratowa Bastrykin był wściekły na gazetę za artykuł oskarżający go o zaniechanie śledztwa w sprawie gangu, który w 2010 roku zamordował w południowej Rosji 12 osób, w tym czworo dzieci. Założona przez b. prezydenta ZSRR i noblistę Michaiła Gorbaczowa "Nowaja Gazieta" została w maju uhonorowana w Niemczech medalem Karola Wielkiego za odważną pracę redaktorów. Przypomniano wówczas, że ostatnich latach pięcioro współpracowników gazety zginęło wskutek zbrodni lub z niewyjaśnionych przyczyn.