Właścicielem gruntu są władze transportowe Port Authority. Jest to agencja stanów Nowy Jork i New Jersey, która prowadziła szeroką działalność lobbystyczną by Waszyngton przyznał federalne środki na zagospodarowanie 16-akrowego terenu kosztem wielu milionów dolarów. Muzeum ma pomieścić m.in. zachowane stalowe elementy konstrukcji pierwotnej budowli oraz podziemny mur, który przetrwał kataklizm. W najniższym punkcie kompleksu, czyli mauzoleum, znajdą się - według założeń - niezidentyfikowane szczątki ofiar zamachów. W muzeum będą też stałe wystawy o charakterze edukacyjnym wyjaśniające okoliczności ataków terrorystycznych na World Trade Center z 11 września 2001 roku. Pieczę nad obiektem pełni niedochodowa Narodowa Fundacja Pomnika i Muzeum 11 Września. Według kierownictwa Porth Autority, fundacja zalega mu ze spłatą 157 milionów dolarów ponad ustaloną wcześniej sumę 530 milionów. Jak podaje "Wall Street Journal", Port Authority nie wyjaśniła publicznie czemu należy przypisać wzrost kosztów. Zdaniem gazety agencja, którą zarządza wpływowa grupa ustosunkowanych politycznie biurokratów, od dawna oskarżana jest o kumoterstwo, złe zarządzanie oraz marnotrawstwo. Przytacza także przykłady podwyższania kosztów innych inwestycji, w tym stacji kolejki PATH w Strefie Zero, która oryginalnie miała być zbudowana za 1,8 miliarda dolarów a pochłonęła już ponad 3 mld, a końca budowy nie widać. Wiele wzburzenia społecznego wywołała też decyzja o podwyższeniu o 50 proc przez Port Authority w sierpniu minionego roku opłat za przejazd tunelami i mostami. Za jednorazowy przejazd z New Jersey do Nowego Jorku Mostem Waszyngtona trzeba obecnie zapłacić 12 dolarów. Jednocześnie 100 najlepiej zarabiających pracowników Port Authority dostaje od 2008 roku, kiedy nastąpił szczyt recesji, utrzymywane w tajemnicy premie sięgające - podobno - dwóch milionów dolarów rocznie. Prace nad budową muzeum wloką się w żółwim tempie a próby negocjacji nie przynoszą rezultatu. Z powodu sporu, Porth Autority nie zgodziła się na zaaprobowanie nowych kontraktów. Wiele osób, które straciły 11 września 2001 roku najbliższych, irytuje zwłoka w budowie muzeum. Jak pisze lokalny, nowojorski dziennik "Daily News", ich gniew jest tym większy, że opóźnienia powstały na tle finansowym. Według władz, nie ma szans aby muzeum otwarto 11 września br. w 11 rocznicę uderzenia uprowadzonych przez terrorystów samolotów w bliźniacze wieże World Trade Center.