Zmierzający do Collegium Novum naukowcy, także z Akademii Górniczej i Akademii Handlowej, mijali oczekujących pod budynkiem i w jego korytarzach esesmanów. Czy ich to nie zaniepokoiło? Zapewne uspokajały ich słowa rektora Lehra-Spławińskiego, który był przekonany, że wystąpienie Muellera dotyczyć będzie zgody władz niemieckich na otwarcie Uniwersytetu Jagiellońskiego i stosunku nazistów do szkolnictwa wyższego. Zamiary okupantów były jednak zupełnie inne, zaplanowane już wcześniej w ramach planu biologicznego wyniszczenia polskiego narodu, a przede wszystkim jego elit. "Tutejszy uniwersytet rozpoczął rok akademicki bez wcześniejszego uzyskania zgody władz niemieckich. Jest to wyraz złej woli. Ponadto jest powszechnie wiadomo, że nauczyciele zawsze byli wrogo nastawieni do niemieckiej nauki. W związku z tym, wszyscy, poza trzema obecnymi kobietami, zostaną wywiezieni do obozu koncentracyjnego. Jakakolwiek dyskusja a nawet wypowiedzi na ten temat są wykluczone. Kto odważy się na opór wobec wykonania mojego rozkazu, zostanie zastrzelony" - oświadczył Mueller. Tak rozpoczęła się Sonderaktion Krakau, jedna z najbardziej brutalnych i bezwzględnych akcji wymierzonych w polską inteligencję. Protestować próbowali profesor Stanisław Estreicher i rektor Lehr-Spławiński. Nie dopuszczono ich jednak do głosu. Nastąpiło brutalne i obcesowe aresztowanie zgromadzonych. "Chwila osłupienia i zaraz ostre wrzaski: 'Rasch, Rasch, Alle Raus!'. Kilku poważniejszych profesorów, między innymi Stanisław Estreicher, podniosło ręce na znak, że proszą o głos, ale Mueller do tego nie dopuścił, wskazując rektorowi drzwi na korytarz" - wspominał obecny na sali profesor Władysław Konopczyński. Estreicher miał być później spoliczkowany i skopany przez niemieckich żołnierzy, ponieważ - jak pisał Konopczyński - "się z gniewem obejrzał". W sumie zatrzymano 183 osoby. Wśród nich było 105 profesorów i docentów Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz 33 innych pracowników i dwóch studentów uczelni. Aresztowano również 21 profesorów i docentów oraz jednego adiunkta z Akademii Górniczej i czterech profesorów z Akademii Handlowej. Ponadto Niemcy uwięzili profesora Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie, profesora Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego oraz 15 innych osób, niezwiązanych z kadrą akademicką. Wszyscy zostali przemocą załadowani do policyjnych ciężarówek, a następnie przewiezieni do więzienia przy ul. Montelupich. "Żadnego śledztwa ani wyjaśnienia. Wniesiono do naszej kaplicy klozet; potem kocioł gorącej nie słodzonej 'kawy'; jeszcze później dano każdemu pajdę chleba. Na noc pokładliśmy się pokotem na podłodze (...). Rano obeszło się bez mycia i jedzenia. Około dziewiątej wywołano wszystkich na podwórze i wywieziono dalej" - wspominał profesor Konopczyński. Naukowcy trafili do koszar wojskowych przy ulicy Mazowieckiej. Zastanawiano się nad powodami zatrzymania. Nikt nie spodziewał się najgorszego. Sądzono, że być może naukowcy zostali zatrzymani przed 11 listopada, jako "zakładnicy" na ewentualność zbyt patriotycznego obchodzenia Święta Niepodległości przez krakowian. Tymczasem zamiast zwolnienia po święcie, grono uczonych przewieziono do Wrocławia. W międzyczasie, w efekcie działania Polskiego czerwonego Krzyża, zwolniono kilkunastu aresztowanych, m.in. prawnika Fryderyka Zolla i profesorów ukraińskich. Pozostałych więźniów 27 listopada przewieziono do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen pod Berlinem. Aresztowanych wyprowadzono na plac, gdzie musieli czekać ponad półtorej godziny w strugach deszczu, obrażani, poniżani i bici przez Niemców. Zachowanie strażników było prymitywne do granic możliwości. Jednemu z profesorów zerwano z głowy melonik, zgnieciono i z powrotem założono, tym razem na odwrót. Wszystko to przy chórze rechotu niemieckich nadzorców. Dodajmy, że elitę krakowskich naukowców przyjął w Sachsenhausen Rudolf Hoess, późniejszy komendant obozu Auschwitz-Birkenau i zbrodniarz wojenny. Dalej naukowców czekały kolejne poniżenia. "Profesorowie żydowskiego pochodzenia oraz księża zostali odseparowani od reszty. (...) W baraku sprawdzano po zapisaniu różnych personaliów, między innymi znajomość obcych języków, odbierano zegarki, pieniądze, kosztowności, pledy, potem kazano się rozbierać do naga dla oględzin lekarskich, strzyżono przy skórze głowy i golono twarze, oblewano gorącym prysznicem i przebierać się kazano..." - pisał profesor Konopczyński. Do ubrania aresztowanym dano stare dziurawe kurtki od mundurów, pasiaste czapki i spodnie. Każdy z nich nosił czerwony trójkąt z materiału, który oznaczał "więźnia politycznego". Uwięzieni w obozie naukowcy nie brali udziału w ciężkich pracach. Niemcy dręczyli ich w inny sposób. Na przykład wielogodzinnymi apelami, które były wyczerpujące dla wielu zaawansowanych wiekowo profesorów. "Staliśmy wówczas, a później klęczeliśmy na głodno - bez kolacji od 6 do 10 wieczorem. Zanosiło się na to, że będziemy stać całą noc! Ponieważ padał wówczas deszcz chłodny na przemian ze śniegiem - perspektywa była więc smutna - że przemokniemy do ostatniej nitki. A przecież o zmianie ubrań nie można było marzyć" - wspominał profesor Kazimierz Stołyhwo. Dodajmy, że uczony był jednym z trzech profesorów, któremu Niemcy jeszcze w Krakowie zaproponowali zwolnienie w zamian za podpisanie "lojalki" o nieprowadzeniu działalności politycznej i prawdopodobnie wyrażenie zgody na podjęcie działalności naukowej na rzecz okupanta. Stołyhwo, podobnie jak profesorowie Jerzy Smoleński i Kazimierz Dobrowolski, odmówił. Mordercze obozowe warunki i właściwie brak opieki medycznej spowodował, że wielu profesorów ciężko zapadło na zdrowiu. Stan niektórych był krytyczny. Pierwszy zmarł profesor Akademii Górniczej Antoni Meyer (24 grudnia 1939 roku). Cztery dni później zmarł profesor Stanisław Estreicher. W następnych tygodniach odeszli rusycysta Stefan Bednarski, geograf Jerzy Smoleński, emerytowany profesor Tadeusz Garbowski, zoologowie Michał Siedlecki i Feliks Rogoziński, anatom Kazimierz Kostanecki, historyk literatury Ignacy Chrzanowski, inżynierowie Adam Różański i Władysław Takliński. Matematyk Antoni Hoborski zmarł już po formalnym zwolnieniu. O osadzonych w Sachenhausen krakowskich naukowców upomniało się międzynarodowe środowisko uniwersyteckie. Temat Sonderaktion Krakau pojawił się w mediach na całym świecie. Intelektualiści, naukowcy i ludzie kultury z krajów neutralnych wyrażali sprzeciw wobec bandyckiego zachowania Niemców. Co więcej, protestowali nawet sojusznicy Trzeciej Rzeszy: Węgrzy i Włosi. Interweniował sam Benito Mussolini. Głosy sprzeciwu pojawiły się również wśród niemieckich naukowców. Pod wpływem nacisków naziści zwolnili część więźniów Sachsenhausen - był to jedyny tego typu przypadek w dziejach niemieckich obozów koncentracyjnych. 8 lutego 1940 roku obóz opuściło 102 więźniów, którzy ukończyli 40. rok życia. Przed zwolnieniem zmuszono ich do pisemnej obietnicy zaprzestania wykonywania zawodu. Pozostałych profesorów Niemcy przetransportowali do innych obozów, między innymi do Dachau i później częściowo zwalniali. Jako ostatni z niewoli wypuszczony został profesor Kazimierz Piwarski. Stało się to pod koniec 1941 roku. Naukowców żydowskiego pochodzenia - Leona Sternbacha, Wiktora Ormickiego i Joachim Metallmanna - Niemcy zamordowali. "Aresztowanie było precedensem i, jak się okazało, początkiem ciernistej drogi polskiej inteligencji i środowisk twórczych w okresie okupacji, a nie - jak wielu sądziło - odosobnionym przypadkiem. Wydano wówczas wyrok nie tylko na uniwersytet, ale i na całe polskie szkolnictwo stopnia wyższego i średniego" - tak o Sonderaktion Krakau pisał profesor Andrzej Chwalba w książce "Okupacyjny Kraków w latach 1939-1945". Artur Wróblewski