Według anonimowego źródła w ministerstwie obrony, cytowanego przez agencję Reutera, FBI odkryło 20-30 tys. stron korespondencji między Allen a Jill Kelley, która jest znajomą Petraeusa. E-maile te zostały wysłane w latach 2010-2012. Pytany o obawy, że Allen mógł przekazać Kelley tajne informacje, przedstawiciel Pentagonu powiedział: - Jesteśmy zaniepokojeni nieodpowiednią komunikacją. Nie będziemy spekulować, co zawierały te dokumenty". W połowie października Obama mianował Allena, obecnego dowódcę Międzynarodowych Sił Wsparcia Bezpieczeństwa (ISAF) w Afganistanie, nowym naczelnym dowódcą połączonych sił zbrojnych NATO w Europie. Minister obrony Leon Panetta w oświadczeniu przekazanym dziennikarzom w drodze do Australii poinformował, że zwrócił się do Obamy z prośbą o wstrzymanie tej nominacji i "prezydent się zgodził". Panetta dodał, że w niedzielę FBI przekazało sprawę do Pentagonu. Minister poinformował też, że w poniedziałek nakazał przeprowadzenie śledztwa w sprawie Allena. - Podczas trwania śledztwa i dopóki fakty nie zostaną ustalone generał Allen pozostanie dowódcą ISAF - powiedział Panetta. Według anonimowego przedstawiciela ministerstwa obrony Allen zaprzecza, jakoby miało dojść do wykroczenia. To właśnie skarga złożona przez 37-letnią Kelley w sprawie e-maili z pogróżkami od kochanki Petraeusa Pauli Broadwell naprowadziła FBI na trop jego romansu pozamałżeńskiego. Kelley pracowała jako ochotniczka w bazie lotniczej McDill w Tampie na Florydzie, gdzie mieści się sztab Centralnego Dowództwa wojsk USA, którego Petraeus był szefem w latach 2008-2010, zanim został dowódcą wojsk w Afganistanie. Broadwell podejrzewała ją, że potajemnie spotka się z generałem. Dyrektor CIA, emerytowany generał i były dowódca wojsk amerykańskich w Iraku, a potem w Afganistanie, złożył w piątek rezygnację na ręce prezydenta Baracka Obamy i jako przyczynę podał romans. Rezygnacja została przyjęta. Tymczasem w poniedziałek wieczorem czasu lokalnego agenci FBI przez około cztery godziny przeszukiwali dom Broadwell w Charlotte, w Karolinie Północnej. W ostatnich dniach przedstawiciele władz twierdzili, że śledztwo jest już na ukończeniu. Niektórzy członkowie Kongresu mają pretensje do FBI, że dopiero na dzień przed dymisją Petraeusa w piątek dowiedzieli się o całej sprawie. Media w USA sugerują, że informacji o śledztwie i romansie generała nie przekazano do Białego Domu wcześniej, aby nie zakłócać kampanii przed wyborami prezydenckimi.