Franciszek przeprosił także za zaniedbania Kościoła związane z niedostateczną reakcją na sygnały o wykorzystywaniu dzieci. W homilii w czasie porannej mszy w Domu świętej Marty Franciszek powiedział, zwracając się do obecnych sześciu ofiar pedofilii: "W obliczu Boga i jego ludu głęboko ubolewam z powodu grzechów i ciężkich przestępstw wykorzystywania seksualnego, popełnionych przez przedstawicieli kleru wobec was, i pokornie proszę o przebaczenie". - Proszę również o przebaczenie grzechów zaniedbania ze strony przywódców Kościoła, którzy nie odpowiedzieli w odpowiedni sposób na doniesienia o wykorzystywaniu przedstawione przez rodziny i tych, którzy padli ofiarą wykorzystywania - podkreślił papież. Przyznał, że to wywołało dalsze cierpienia ofiar i naraziło na niebezpieczeństwo innych nieletnich.