Podejrzenia padły na Johna Allena kilka miesięcy temu. Przy okazji skandalu seksualnego, który doprowadził do dymisji szefa CIA wyszło na jaw, że generał prowadził korespondencję z niejaką Jill Kelly. Kobieta ta zajmowała się organizowaniem przyjęć dla oficerów z amerykańskiego Centralnego Dowództwa w Tampie na Florydzie. Duża liczba e-maili jakie wymienili oraz ton niektórych z nich sprawiły, że szef Pentagonu Leon Panetta wszczął dochodzenie. Allen, który w międzyczasie stał się obiektem żartów amerykańskich satyryków, przez cały czas utrzymywał, że jest niewinny. Do podobnego wniosku doszedł Inspektor Generalny resortu obrony. Po analizie korespondencji stwierdził, że nie doszło ani do naruszenia tajemnicy wojskowej ani niewłaściwego zachowania dowódcy sił ISAF w Afganistanie. Generał Allen został już poinformowany o wyniku dochodzenia.