Huntington zmarł 24 grudnia, w wieku 81 lat, na wyspie Martha's Vineyard w stanie Massachusetts. W swej długiej karierze Huntington zajmował się problematyką bezpieczeństwa międzynarodowego. Współpracował z amerykańskimi agencjami rządowymi zajmującymi się bezpieczeństwem. W "Zderzeniu cywilizacji", wydanym w formie książkowej w 1996 roku (książka była rozwinięciem eseju z 1993 roku, opublikowanym na łamach "Foreign Affaires") Huntington lansuje tezę, że przyszłe konflikty zbrojne będą się toczyć nie między państwami, lecz między cywilizacjami. Jego zdaniem źródłami konfliktów międzynarodowych będą różnice kulturowe zdeterminowane podziałami religijnymi. Książka ta została przełożona na kilkadziesiąt języków, a teoria Huntingtona okazała się mocno kontrowersyjna, znajdując zarówno wielu zwolenników, jak i krytyków.