Stało się tak mimo sprzeciwu lewicowej opozycji, która chciała, by wypełnianie umów było zawieszone do czasu orzeczenia przez Trybunał w sprawie proponowanego anulowania całej ustawy o restytucji mienia związków wyznaniowych. Sekretarz generalny Trybunału Ivo Pospiszil wyjaśnił, że wniosek opozycji nie jest skargą konstytucyjną i dlatego nie leży w jego gestii. 22 lutego premier Petr Neczas podpisał w imieniu swego centroprawicowego rządu umowy z 16 Kościołami i wspólnotami wyznaniowymi w sprawie rekompensat. Umowy dotyczą jedynie zadośćuczynienia za nieruchomości użytkowane obecnie przez jednostki komunalne lub osoby prywatne, co zapewni Kościołom i wspólnotom wyznaniowym na przestrzeni 30 lat 59 mld koron (9,5 mld złotych) - czyli 2 mld rocznie, każdorazowo korygowane o mnożnik inflacyjny. Jednocześnie państwo przestanie wypłacać duchownym wynagrodzenia, na co przeznacza się każdego roku około 1,5 mld koron. Największy udział w rekompensatach, wynoszący 47,2 mld koron (7,7 mld złotych), będzie miał Kościół katolicki. Jako jedyny z 17 objętych postanowieniami ustawy wspólnot wyznaniowych podpisania umowy o rekompensacie odmówił liczący około 2,5 tys. aktywnych wiernych czeski zbór baptystów, deklarując powrót do samofinansowania. Przypadającą na niego kwotę 228 mln koron (37 mln złotych) zatrzyma państwo. Obok wypłacenia rekompensat finansowych ustawa o restytucji mienia związków wyznaniowych przewiduje również zwrócenie im w naturze nieruchomości łącznej wartości około 75 mld koron (12,2 mld złotych). Według Neczasa informacje na temat tych zwrotów będą sukcesywnie publikowane. Na Kościołach i wspólnotach wyznaniowych ciąży obowiązek udowodnienia, że nieruchomości, o które się ubiegają, skonfiskowano im między przejęciem pełnej władzy przez komunistów w lutym 1948 roku a 1 stycznia 1990 roku.