Sąd Najwyższy nie uzasadnił swego werdyktu. Przewodniczący składu sędziowskiego Walentin Pirożkow oznajmił jedynie, że orzeczenie sądu I instancji było błędne. Poinformował też, że Moskiewski Sąd Miejski ma obowiązek merytorycznego rozpatrzenia skargi stowarzyszenia. Moskiewski Sąd Miejski w grudniu 2009 roku odrzucił zażalenie Memoriału na postępowanie Komisji Międzyresortowej ds. Ochrony Tajemnic Państwowych, która w sierpniu ubiegłego roku bez jakiegokolwiek uzasadnienia odmówiła cofnięcia swojej decyzji z 22 grudnia 2004 roku o utajnieniu postanowienia Głównej Prokuratury Wojskowej (GPW) z 21 września tego samego roku o umorzeniu śledztwa w sprawie zbrodni katyńskiej. GPW prowadziła je w latach 1990-2004. Wraz z utajnieniem postanowienia Głównej Prokuratury Wojskowej o umorzeniu dochodzenia Komisja Międzyresortowa nałożyła klauzulę tajności na 116 ze 183 tomów akt śledztwa. Wśród utajnionych materiałów jest lista osób uznanych za winne. Moskiewski Sąd Miejski orzekł w zeszłym roku, że Memoriał nie jest uprawniony do składania takich skarg, gdyż odmówienie przez Komisję Międzyresortową cofnięcia decyzji o utajnieniu postanowienia GPW nie narusza interesów stowarzyszenia. Memoriał nie zgodził się z takim rozstrzygnięciem i złożył skargę kasacyjną. Argumentował, że jego statut jako jedno z zadań stowarzyszenia wymienia działalność na rzecz udostępniania wszelkich źródeł informacji o zbrodniach totalitarnego reżimu. Komisja Międzyresortowa podlega prezydentowi Rosji, a jej pracami na co dzień kieruje szef prezydenckiej administracji (kancelarii). Gdy utajniano akta katyńskie, gospodarzem Kremla był Władimir Putin. Jednym z jego najbliższych współpracowników był wówczas obecny prezydent Dmitrij Miedwiediew. Wiceprzewodniczący Memoriału Jan Raczyński w rozmowie wyraził zadowolenie z werdyktu Sądu Najwyższego. - Orzeczenie to pozwala mieć nadzieję, że sprawa Katynia wreszcie zostanie rozpatrzona przez sąd; że dane zostaną oceny, na które od tak dawna wielu czeka w Rosji, a tym bardziej w Polsce. Nie będzie to szybki proces. Trzeba jednak uzbroić się w cierpliwość - powiedział Raczyński. Według niego, jest to sygnał, że "historia się zmienia". - Mamy pierwszy od kilku stuleci moment, gdy stosunki między dwoma słowiańskimi narodami mogą być budowane na normalnej podstawie - przyjaźni i dobrego sąsiedztwa. Oby ta szansa nie została zaprzepaszczona. Leży to w interesie obu krajów - oświadczył wiceszef Memoriału. Także szef sekcji polskiej stowarzyszenia Aleksandr Gurjanow powiedział, że ma ono powody do satysfakcji, gdyż Sąd Najwyższy zgodził się z jego argumentacją. - Jest to jednak tylko sukces proceduralny. Pamiętajmy, że kwestie merytoryczne, czyli problem utajnienia i odtajnienia postanowienia Głównej Prokuratury Wojskowej, nie były rozpatrywane - zaznaczył. - Uzyskaliśmy wszelako maksymalny wynik, na jaki mogliśmy dzisiaj liczyć - oświadczył Gurjanow. Przedstawiciel Memoriału przypomniał też, że "w czasie trwających od ponad trzech lat zmagań sądowych w sprawie Katynia już raz się zdarzyło - jesienią 2008 roku - że w kwestii proceduralnej wyższa instancja orzekła, iż niższa instancja nie miała racji, odmawiając rozpatrzenia wniosków dotyczących rehabilitacji polskich oficerów". Sąd Najwyższy Rosji wydał już jeden werdykt dotyczący mordu NKWD na polskich oficerach. W styczniu 2009 roku jego Kolegium Wojskowe, orzekając jako II instancja (pierwszą w danym wypadku był Moskiewski Okręgowy Sąd Wojskowy), uznało, że zgodnie z kodeksem karnym z 1926 roku, czyli przyjętym pod rządami Józefa Stalina, zbrodnia katyńska jako przestępstwo pospolite uległa przedawnieniu. Kolegium Wojskowe Sądu Najwyższego FR wyjaśniło, że mord na Polakach nie byłby przedawniony, gdyby był "przestępstwem kontrrewolucyjnym". Kolegium Wojskowe orzekło też wtedy, że wznowienie śledztwa katyńskiego byłoby niezgodne z prawem. Uznało ponadto za niemożliwe zapoznanie obywateli obcego państwa z tajnym postanowieniem Głównej Prokuratury Wojskowej o jego umorzeniu, gdyż mogłoby to zagrozić bezpieczeństwu narodowemu Federacji Rosyjskiej. Żądając odtajnienia akt katyńskich, Memoriał argumentuje, że ich utajnienie narusza ustawę o tajemnicy państwowej, która nie pozwala obejmować klauzulą tajności informacji o łamaniu praw człowieka oraz przestępstwach popełnionych przez organy państwowe lub ich przedstawicieli. Stowarzyszenie dowodzi też, że odmawiając rozpatrzenia wniosków o rehabilitację pomordowanych, GPW narusza ustawę o rehabilitacji ofiar represji politycznych.