Został on pochowany na cmentarzu miejskim w Chimkach koło Moskwy z honorami wojskowymi - spowitą kirem flagą państwową, orkiestrą wojskową, kompanią reprezentacyjną i salwą honorową. Wcześniej w tamtejszej cerkwi św. Kosmy i Damiana odbyło się nabożeństwo żałobne. W lipcu 2003 roku Północnokaukaski Okręgowy Sąd Wojskowy skazał Budanowa, byłego dowódcę 160. Pułku Pancernego, na 10 lat łagru za uprowadzenie, zgwałcenie i zabicie 18-letniej Czeczenki, Elzy Kungajewej. Pułkownik został też zdegradowany i pozbawiony odznaczeń państwowych, w tym dwóch Orderów za Męstwo. W styczniu 2009 roku - mimo protestów w Czeczenii, w tym ze strony jej prorosyjskich władz - uzyskał on przedterminowe, warunkowe zwolnienie. Sprawa Budanowa - najwyższego rangą rosyjskiego wojskowego osądzonego za zbrodnie w Czeczenii - stała się symbolem łamania przez rosyjskie wojsko praw człowieka w tej republice podczas dwóch wojen z czeczeńskimi separatystami. Dla mieszkańców Czeczenii był on zbrodniarzem wojennym, a dla nacjonalistów rosyjskich - bohaterem narodowym. Wśród uczestników pogrzebu - oprócz wojskowych i nacjonalistów - byli też pseudokibice piłkarscy i Kozacy. Uroczystościom towarzyszyły nadzwyczajne środki bezpieczeństwa. Do podmoskiewskiego miasta ściągnięto dodatkowe siły policji i żołnierzy wojsk wewnętrznych. Cerkiew i cmentarz zostały otoczone policyjnymi kordonami. Przy wejściach ustawiono bramki do wykrywania metalu. Wszyscy wchodzący byli dokładnie kontrolowani. 47-letniego Budanowa zabito czterema strzałami w głowę, gdy wychodził z urzędu notarialnego przy Prospekcie Komsomolskim, jednej z głównych ulic w stolicy Rosji. Były oficer załatwiał tam formalności związane z wyjazdem swojej nieletniej córki za granicę. Towarzyszyła mu żona. Zabójca odjechał z miejsca zbrodni samochodem z co najmniej jednym wspólnikiem. Według wstępnych ustaleń śledczych, przestępców było dwóch - jeden strzelał, drugi czekał w aucie. Później odnaleziono porzucony samochód i pistolet z tłumikiem. Zdaniem śledczych, zabójstwo zostało starannie zaplanowane. Nie wykluczają oni, że Budanow, który po wyjściu z kolonii karnej mieszkał na Ukrainie, od pewnego czasu był obserwowany. Większość analityków uważa, że zabójstwo Budanowa jest zemstą za zbrodnie, które popełnił w Czeczenii. Różnią się oni tylko w ocenach, czy byłego oficera Armii Rosyjskiej zamordowali rebelianci, czy też wysłannicy prezydenta Czeczenii Ramzana Kadyrowa, który swego czasu ostrzegł publicznie, że jeśli Budanow nie poniesie zasłużonej kary, to Czeczeni znajdą sposób, by rozliczyć się z nim zgodnie z jego zasługami. Przewodniczący Rosyjskiego Kongresu Narodów Kaukazu Asłanbek Paskaczow jest zdania, że byłego pułkownika zastrzelili prowokatorzy, dążący do poróżnienia mieszkańców Kaukazu i Rosjan. "Właśnie w tym celu zorganizowano zabójstwo Budanowa, który był bohaterem narodowym dla ludzi o nacjonalistycznych poglądach" - oświadczył Paskaczow. O zbrodniach Budanowa pisała dziennikarka niezależnej "Nowej Gaziety" Anna Politkowska. 7 października 2006 roku została ona zastrzelona na klatce schodowej swojego domu w centrum Moskwy, nieopodal Dworca Białoruskiego. Do dzisiaj nie ustalono, kto zlecił zabójstwo. Podobnie, jak nie ustalono, kto zlecił zamordowanie Stanisława Markiełowa, adwokata, który w procesie Budanowa reprezentował rodzinę Kungajewej i który sprzeciwiał się jego przedterminowemu, warunkowemu zwolnieniu. Prawnik został zastrzelony 19 stycznia 2009 roku razem z dziennikarką "Nowej Gaziety" Anastazją Baburową. Zbrodnię tę popełniono również w centrum stolicy Rosji, tuż obok Soboru Chrystusa Zbawiciela.