Źródła, na które powołuje się Rosbałt, twierdzą, że rosyjskim władzom nie odpowiada sytuacja, w której organ nadzorujący jest zależny od Ministerstwa Obrony. Dlatego między innymi kompetencje Głównej Prokuratury Wojskowej miałaby przejąć Prokuratura Generalna. Jej dotychczasowy status ma zostać obniżony do rangi wydziału. Prokuratorzy wojskowi mają zostać wyprowadzeni ze struktur armii w listopadzie, a do tego czasu muszą podjąć decyzję, czy chcą nadal pracować, czy też zamierzają zmienić profesję. Część funkcjonariuszy, którzy znajdują się w wieku emerytalnym zamierza odejść w stan spoczynku. Główna Prokuratura Wojskowa przez 10 lat badała zbrodnię katyńską. We wrześniu 2004 roku postępowanie zostało umorzone, a uzasadnienie wraz z aktami sprawy utajnione. W 2010 r. ta sama prokuratura odmówiła rehabilitacji polskich oficerów zamordowanych w Katyniu i wznowienia śledztwa katyńskiego.