Resort nie wyjaśnił powodów tej decyzji. Ogłoszono jedynie, że w trakcie kontroli działalności FBK uznano, iż jest ona zbieżna z "cechami organizacji niekomercyjnej pełniącej funkcje zagranicznego agenta". FBK została umieszczona w prowadzonym przez ministerstwo sprawiedliwości wykazie takich organizacji. Współpracownik Nawalnego Iwan Żdanow zapewnił na swoim Twitterze, że FBK "finansowana jest wyłącznie przez obywateli Federacji Rosyjskiej" i nie otrzymywała "żadnych funduszy z zagranicy". "Umieszczenie (jej) na jakichś listach, które oni sami sobie wymyślili, jest po prostu kolejną próbą zagłuszenia FBK" - oświadczył Żdanow. Obowiązująca w Rosji od 2012 roku specjalna ustawa zobowiązuje organizacje pozarządowe do rejestrowania się jako "pełniące funkcje zagranicznego agenta", jeśli korzystają one z zagranicznego wsparcia finansowego i uczestniczą w życiu politycznym Rosji. Ponadto ministerstwo sprawiedliwości może samodzielnie wpisywać organizacje na listę "zagranicznych agentów", przy czym od decyzji takiej przysługuje odwołanie. Za niepodporządkowanie się wymogom ustawy o "zagranicznych agentach" rosyjskim organizacjom i ich szefom grożą wysokie kary pieniężne, a nawet więzienie. Organizacje uznane za "zagranicznych agentów" podlegają restrykcyjnej kontroli ze strony państwa.