W marcu 2000 roku Budanow udusił w czasie przesłuchania czeczeńską dziewczynę, zatrzymaną przez rosyjskich żołnierzy we własnym domu. Pułkownik przyznaje się do zabójstwa. Utrzymuje jednak, że ofiara była strzelcem wyborowym i że zabił ją, ponieważ był w szale po śmierci swoich podwładnych. Głośna sprawa Budanowa rozpatrywana jest obecnie po raz kolejny przez sąd wojskowy Północnokaukaskiego Okręgu Wojskowego w Rostowie nad Donem. W grudniu ubiegłego roku sąd uznał pułkownika za niepoczytalnego. Rosyjscy liberałowie i grupy obrońców praw człowieka potępiali wtedy decyzję sądu, widząc w niej sygnał, że nadużycia popełniane przez siły rosyjskie w Czeczenii pozostaną bezkarne. W lutym bieżącego roku izba wojskowa Sądu Najwyższego uchyliła wyrok w tej sprawie i skierowała go do ponownego rozpatrzenia. Analitycy rosyjskiej sceny politycznej wiążą uchylenie wyroku na Budanowa z marcowym referendum konstytucyjnym w Czeczenii. Władzom w Moskwie zależało, by poprawić stosunki ze zbuntowaną republiką i zachęcić ludzi do uczestniczenia w referendum, którego zadaniem było przygotowanie prawnych podstaw funkcjonowania promoskiewskich władz w Czeczenii.